CELF1 preferentially binds to exon-intron boundary and regulates alternative splicing in HeLa cells

RNA结合蛋白(RBPs)参与到了转录后调控,包括RNA的可变剪接,RNA的空间折叠,从而导致RNA的表达量的变化。因此精确确定RBPs在RNA上的结合位置和结合特点是至关重要的。目前已经有成功解析RBP结合位点的方法,如CLIP-seq。但CLIP-seq也有很多的缺陷:如实验复杂,成功率低,文库的丰富度不够。和CLIP-seq比较类似的RIP-seq,虽然少了一些步骤,但获得的结果和CLIP-seq比较类似。最近有一项研究报道,使用DO-RIP-seq技术,也可以成功地获得RBPs的结合位点。而且能够获得更好的丰富度,这为RIP-seq分析RBPs的结合位点提供了方案和依据。

沉痛悼念我公司科学顾问朱英国院士!

朱院士是我们的老朋友,一直无条件支持生命之美,关心生命之美的发展,激励我们创业的信息和勇气。惊闻朱院士去世的消息,我们简直不能相信,因为他的身体一直很好,人又开朗谦和,怎么就离开了他所热爱的家人,离开了他辛勤耕耘的生命科学,离开我们而去了呢?
朱院士的离开,不仅我们失去了一位良师益友,也是我国生命科学的损失,也是中国粮食产业的亏损,是广大人民的亏损。
我们深切缅怀朱院士,也传承他朴实钻研的科研精神,勇敢无畏的品格,乐于助人的风尚,继续在生命科学耕耘,服务更多的人群,共创美好生活!

热烈祝贺我公司和客户合作研究在PLOS ONE上发表文章

热烈祝贺我公司和客户合作研究在PLOS ONE上发表文章
Transcriptome analysis of sheep oral mucosa response to Orf virus infection热烈祝贺中国农业科学院兰州兽医研究所景志忠课题组使用我公司的RNA-seq技术和高通量测序平台在PLOS ONE 上发表题为“Transcriptome Analysis of Sheep Oral Mucosa Response to Orf Virus Infection”的文章,揭示了由羊口疮病毒引起的羊口疮疾病难以治愈和反复发作的分子机制。该项目得到国家重点基础研究项目和国家自然科学基金项目的支持。兰州兽医研究所为该研究提供了重要的资源和技术支持。我公司在技术上,以及后期的科学发现上起到了重要的推动作用。该文共同第一作者为兰州兽医研究所贾怀杰博士和我公司的詹雷雷博士。通讯作者为兰州兽医研究所景志忠教授。

PLOS ONE的影响因子为2.805, 为生物学大类3区杂志。

在本项研究中, 景志忠学科组及其合作者利用小尾寒羊作为对象,将其接种羊口疮病毒后,分别在3, 7,15天获取口腔黏膜样本,随后对样本本进行RNA-seq。深度分析数据后发现,小尾寒羊在感染羊口疮病毒后,会引发机体的免疫反应,并通过细胞凋亡的方式来清除病毒,然而羊口疮病毒能诱导细胞发挥负调控细胞凋亡的分子机制,从而使病毒在细胞内继续繁殖,从而导致羊口疮疾病难以治愈并反复发作。
上述研究结果揭示了羊口疮病毒引起的羊口疮疾病难以治愈和反复发作的分子机制, 为该种疾病的防御和治疗的后续研究提供了坚实的理论基础。

原文链接:http://genome.cshlp.org/content/early/2017/07/07/gr.217463.116.long

Maintenance of the marginal-zone B cell compartment specifically requires the RNA-binding protein ZFP36L1

RNA结合蛋白ZFP36家族可通过结合3’UTR区域AU-rich元件促进mRNA降解和抑制基因表达。在这篇文献中,研究者们发现了ZFP36家族成员ZFP36L1的一项新功能,通过对转录因子IRF8和KLF2的表达抑制,调控多个下游信号转导、细胞黏附和迁移基因的表达,控制边缘区B细胞的生存和特征维持。这项研究展示了RNA结合蛋白如何通过整合转录后调控和转录调控途径,促进细胞特征维持的调控机制。

棉花真菌中的可变剪接调控

可变剪接事件在高等动物中起着非常重要的调控功能,使得生物能利用较少的编码基因产生多样的转录本,进而翻译成多种蛋白质,但是这种调控是否也在真菌中发挥作用不得而知。生命之美合作伙伴-湖北省农科院喻大昭、万鹏课题组首次在一种真菌中研究了可变剪接的作用机制。研究成果“Transcriptome analysis reveals the complexity of alternative splicing regulation in the fungus Verticillium dahliae”发表在BMC Genomics杂志上。该工作得到了国家科技支撑计划(项目编号2012BAD19B05)以及生命之美创新基金(项目编号201206003)的支持。

热烈祝贺我公司与客户合作项目在Cell Reports上发表文章

热烈祝贺中国科学院水生生物研究所殷战课题组使用我公司的ChIP-seq技术和高通量测序平台在Cell Reports上发表题为“Fatty Acid Oxidation in Zebrafish Adipose Tissue Is Promoted by 1α,25(OH)2D3”的文章,阐述了斑马鱼维生素D受体通过PGC1α及下游信号通路调控脂肪代谢、线粒体发生和氧化还原反应的分子机制。该研究得到了国家重点基础研究计划973和中国科学院试点项目的支持。

生命之美首届Research Symposium

2017年5月17日,首届武汉生命之美学术研讨会(THE 1ST ABLIFE RESEARCH SYMPOSIUM)在生命之美公司顺利召开,感谢生物医药加速器园区提供的报告场地。此次研讨会邀请的嘉宾有公司科学顾问-英国Dundee大学教授&厦门大学客座教授David MJ Lilley院士、华中农业大学赵凌教授、David Lilley院士团队黄林博士。参与项目讨论的分别是生命之美基因组分析中心的程超、汪雪莲、陈栋、吴可菁博士,以及科学与技术产业部的汪魏博士、王文青博士和詹雷雷博士。研讨会开幕由生命之美首席科学家张翼博士主持,汪魏博士担任会议主持。

热烈祝贺我公司和客户合作研究在BBA-Gene Regulatory Mechanisms上发表文章

热烈祝贺 华中科技大学 生命科学院 张礼斌副教授使用我公司的RNA-seq和RIP-seq技术和高通量测序平台在BBA-gene regulatory mechanisms上发表题为“CELF1 preferentially binds to exon-intron boundary and regulates alternative splicing in HeLa cells”的文章,揭示了RNA结合蛋白(RBP) CELF1在HeLa细胞中对转录本可变剪接(AS)的调控作用。该项目得到国家自然科学基金以及我公司RBP研究等基金项目的支持。华中科技大学 生命科学院为该研究提供了重要的资源和技术支持。我公司在技术上,以及后期的科学发现上起到了重要的推动作用。该文第一作者为华中科技大学生命科学院博士生夏恒,通讯作者为中科技大学生命科学院张礼斌副教授、我公司的CEO兼首席科学家 张翼博士。