Natural RNA circles function as efficient microRNA sponges
该论文提出了一种全新的CLIP方法,称为enhanced CLIP (eCLIP)。该方法为RBPs在全基因组范围内的maps提供了一个更加强大,标准化的框架。显著的降低了测序过程中所需要扩增的次数,并且极大地提高了RBPs文库可读百分比的成功率。此外,eCLIP还改善了配对input controls的发现auehentic位点的信噪比。
该论文提出了一种全新的CLIP方法,称为enhanced CLIP (eCLIP)。该方法为RBPs在全基因组范围内的maps提供了一个更加强大,标准化的框架。显著的降低了测序过程中所需要扩增的次数,并且极大地提高了RBPs文库可读百分比的成功率。此外,eCLIP还改善了配对input controls的发现auehentic位点的信噪比。
通过对小鼠睾丸上皮绒毛和腺窝干细胞进行RNA-seq和CHIP-seq研究,发现基因的二价启动子在干细胞和组织特化细胞中的不同分布情况,以及组蛋白修饰marker在不同细胞中对基因表达调控的差异。
研究者们利用TCGA、ICGC和其他已发表的高通量测序数据(图1),绘制了人类肿瘤的变异图谱。图谱信息包括以下几类癌症功能事件(Cancer Functional Events, CFE):1、表现出定向选择特征的高突变率的癌症基因;2、反复发生的拷贝数差异变化;3、启动子区的超甲基化CpG位点。通过分析超过11000名病人的肿瘤样本信息,研究者们确定了1699种癌症特异CFE,并进一步合并为1273种泛癌症CFE。
2016年9月26日至27日,David MJ Lilley教授访问生命之美,并于26日上午在公司会议室进行了题为“Structure and Mechanism of a Eukaryotic Holliday Junction-Resolving Enzyme”的学术报告。公司生产技术部、科学部及其他部门成员参加了此次的报告会。
受到RBA结合蛋白控制的可变剪接过程可能影响大部分基因的表达。近年来越来越多的实验表明,可变剪接的失调可能以多种方式影响癌症的发生和发展。癌症特异性的可变剪接具有显著的诊断价值,是极有价值的癌症标记,也是潜在的药物靶标。目前科学家们已发现了一些具有可变剪接的癌症相关基因,但癌症中可变剪接的调控网络还有待细致发掘。
1. 神经干细胞具有自我更新能力,能够分化产生神经组织中不同细胞类型的细胞,它的功能失调与许多神经退行性疾病的发生和发展密切相关。
2. 成体神经干细胞数量稀少,所处环境复杂,使得在体识别、解析成体神经干细胞的分子特征及示踪成体干细胞的分化谱系面临巨大的挑战。
3.近年来,单细胞转录组测序分析技术有很大的发展。
一种罕见的多能造血干细胞群体(HSCs)需要连续生产百万成熟血细胞,同时保持不同谱系之间的正确平衡。在造血层次结构的顶点所在的最原始的长期重建造血干细胞(LT-HSCs)。LT-HSCs可以进行三种类型的细胞分裂:(1)重建对称细胞分裂产生补充LT-HSC库中的两个LT-HSC的子代细胞; (2)对称分裂来补充生产短期重建造血干细胞(STHSCs)和多能祖细胞(MPP的);及(3)不对称分裂,其中一个子细胞仍然是干细胞,其他的功能发生改变。
在骨髓(BM)中造血干细胞的能力会随着年龄增加而显著下降。相应的在老年人中骨髓性疾病例如:白血病,获得性免疫系统功能降低和贫血病的发病率显著增加。目前干细胞衰老主要有两个模型:1,特定表型的多个HSCs克隆共存,但是他们的相对频率会随年龄的变化而改变;2,所有的造血干细胞经历与年龄感官潜在的协同变化。尽管对HSCs功能的随着年龄增加而下降进行了广泛的研究,但是潜在的HSCs衰老的分子机制仍然不清楚。
Pre-mRNA的转录和剪切过程由两个不同的大分子复合物完成,RNA聚合酶II和剪接体。早期研究已经表明,新生RNA上能同时发生剪接行为,那么在新生RNA上发生的剪接过程,Pol II和剪接体之间的距离是多近是从未有人报道的。
文章运用高分辨率质谱技术和生化方法鉴定并验证了一种新的组蛋白修饰-三羟基丁酰化修饰,使用RNA-seq 和CHIP-seq 等技术对这种新的组蛋白修饰的功能进行了探索,发现一种新的组蛋白修饰的表观遗传调控方式,并发现它对基因的表达有重要的代谢调控作用。
肠道微生物在营养吸收和人体免疫系统的发展过程中起到根本作用,而且肠道微生物与宿主间的共生关系在维持肠道内稳态中至关重要。肠道上皮受损后如果无法适当的修复将导致菌群结构失调,进而引发炎症反应,并最终引发炎性肠道疾病(IBD)或结直肠癌(CRC)。然而,对于肠道上皮损伤后如何修复重建肠道内稳态,以避免失调导致的疾病,我们仍然知之甚少。因此,本文旨在阐明菌群驱动的生长因子FGF2与白介素IL-17是如何协作促进修复受损的肠道上皮屏障的。