基因的表达调控最主要的方式是转录调控，即启动子顺式作用元件与转录机器互作的调控。位于转录起始位点(TSS)上游的核心启动子则包含了与转录机器互作的最主要的作用元件，因此启动子的准确鉴定对研究基因表达调控至关重要。同时，不同的转录起始位点，会导致基因使用不同的5’UTR。5’UTR对mRNA的翻译起始至关重要，是翻译效率调控的最主要靶标区域之一。绝大多数基因都有2个以上的转录起始位点，因此系统鉴定mRNA的转录起始位点，一方面可以鉴定核心启动子元件，另一方面可以确定mRNA的5’UTR，是研究基因表达的有力方式。
CAGE-seq (Cap Analysis of Gene Expression AND deep Sequencing)是结合mRNA加帽位点鉴定和高通量测序的手段，可以高通量的鉴定整个细胞内mRNA的转录起始位点，从而获得准确的启动子信息和5’UTR信息。
海德堡大学的Andres Jaschke研究团队于今年在Nature上报道了第一个原核生物中的 RNA 5’端帽子结构。真核生物mRNA中的5’端帽子结构不存在于原核生物中，长期以来人们认为原核mRNA中不存在5’端帽子结构。Andres Jaschke研究团队利用化学-酶捕获和NGS手段（NAD CaptureSeq）发现了细菌RNA中的5’-NAD帽子结构，并证实这种帽子结构同样具有保护RNA分子的功能。
据今年三月的Nature杂志报道，洛克菲勒大学的Sohail F. Tavazoie团队发现m6A（N6-methyladenosine）是促进microRNA生成的关键性转录后修饰。初级microRNA（pri-miRNA）需要经过一系列的加工才能形成成熟的miRNA，这其中的第一步是由DGCR8识别pri-miRNA茎环结构，再招募DROSHA切割双链RNA，生成前体miRNA（pre-miRNA）。在此之前，DGCR8如何在众多转录本二级结构中识别并结合pri-miRNA的结构并不清楚。
哺乳动物个体包含至少400种细胞类型，这些细胞类型都具有一个相同的基因组，却具有独特的基因表达特征，从而具有不同的形态乃至生物学功能。不同细胞类型的特性是由转录调控决定的。目前为止我们还缺乏对生物体转录调控的全面的了解，直到最近 FANTOM 等几个团队联合发表了题为“A promoter-level mammalian expression atlas”的文章，通过CAGE-seq的方法对人和小鼠的转录起始位点（TSS）和启动子使用、转录因子调控进行了全面的描述。