CLIP-seq (crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing)，紫外交联免疫沉淀结合高通量测序，可以高通量研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式，并揭示其在一些重要生物学过程中的功能，是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。最近，这项技术也被应用到microRNA靶标鉴定等工作中。
在这部分分析中，我们开发的分析策略为：In silico random IP（仅使用unique reads进行分析，见下图）。对选定的基因中，根据定位到此基因的observed tag number with observed length产生随机序列，对此基因进行模拟定位500次，找出500次中maximal random tag height (p_value<0.01)，如果此基因中observed max peak height
4.4 高级分析主要包括：
RNA结合蛋白ZFP36家族可通过结合3’UTR区域AU-rich元件促进mRNA降解和抑制基因表达。在这篇文献中，研究者们发现了ZFP36家族成员ZFP36L1的一项新功能，通过对转录因子IRF8和KLF2的表达抑制，调控多个下游信号转导、细胞黏附和迁移基因的表达，控制边缘区B细胞的生存和特征维持。这项研究展示了RNA结合蛋白如何通过整合转录后调控和转录调控途径，促进细胞特征维持的调控机制。
RNA结合蛋白（RNA-binding proteins, RBPs）已被认为是调节基因表达的关键因素。RNA在什么时候，什么地点以什么速率被加工，转运和细胞内的翻译控制一直是研究热点。已有的研究表明这些调节是必须的，因为RBP功能的缺失会导致很多不同的遗传和躯体的疾病，例如神经病变，自身免疫缺陷和癌症等。为了发现RBPs是如何对RNA加工产生影响的机制，大量的新技术如RNA免疫共沉淀（RNA immunoprecipitation, RIP），紫外交联免疫沉淀（crosslinking-immunoprecipitation, CLIP）等被广泛使用。当一些高通量测序（-seq）与CLIP方法结合例如, photoactivatable-ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP)和individual-nucleotide-resolution CLIP (iCLIP)之后RNA在体内与单核苷酸结合位点的识别将会得到很大改善。然而，当前的CLIP方法在技术上具有一定的挑战性，例如较高的失败率，CLIP-seq文库经常出现极低的complexity:在已发表的279个CLIP数据集中经过PCR重复之后有高达83.3%的CLIP-seq数据会被丢掉。此外当iCLIP由ENCODE进行大量处理时，RBPs文库产生的成功率会地很多，尤其是对那些没有被注释的RNA结合结构域。因此提高文库成功率将显著降低测序成本，极大地提高生物和技术的可重复性，并且可以使低丰度RBPs和很少靶标RNA的RBPs的RBP位点更容易识别。
ABLife直接参与了本研究 可变聚腺苷酸化(APA)是一种普遍的基因调控机制并与开花相牵连，但植物从营养生长到生殖生长转换期间调整选择特定poly(A)位点的分子基础仍不清楚。