CRISPR/Cas9技术是由RNA介导识别特定基因位点，Cas9蛋白发挥核酸酶切割DNA双链的基因组编辑技术，继锌指核酸内切酶（ZFN）”、“类转录激活因子效应物核酸酶（TALEN）”之后出现的第三代“基因组定点编辑技术”。
凭借着成本低廉，操作方便，效率高等优点，CRISPR/Cas9迅速风靡全球的实验室。通过人工设计的特异的gRNA指导Cas9蛋白在哺乳动物细胞中精确定位来实现精确编辑，即特定基因的沉默或插入。
使用CRISPR/Cas9技术可以更加容易而有效地敲除内源基因，同时避免了转染外源质粒带给细胞的未知影响（Figure 1）。
在RNA和蛋白质相互作用的研究中，常常由于缺少RBP的IP级抗体而受到限制。我们正在开发的技术可以突破这种限制，使得CLIP-seq等技术不再依赖于适合的抗体，从而扩大了RBP-RNA的研究范围。该技术通过CRISPR/Cas9的同源重组技术，在内源RBP位置上插入标签肽，实现用标签抗体捕获RBP的TAG-CLIP技术等（Figure 2）。
当前，利用CRISPR/Cas9技术的研究人员首先需要构建一个sgRNA（single-guide RNA）。sgRNA中包含一段与目标DNA匹配的序列，被附着在Cas9酶上。将Cas9-sgRNA复合物引入到目标细胞后，sgRNA会找到与其匹配的DNA序列，然后，Cas9酶结合目标DNA序列，切断双链。接下来，筛选编辑成功的单克隆，进行扩大培养，获得成功编辑的细胞系。
Figure 1 (Hsu, Lander et al. 2014)
Figure 2 (Van Nostrand, Gelboin-Burkhart et al. 2017)
Hsu, P. D., E. S. Lander and F. Zhang (2014). “Development and applications of CRISPR-Cas9 for genome engineering.” Cell 157(6): 1262-1278.
Van Nostrand, E. L., C. Gelboin-Burkhart, R. Wang, G. A. Pratt, S. M. Blue and G. W. Yeo (2017). “CRISPR/Cas9-mediated integration enables TAG-eCLIP of endogenously tagged RNA binding proteins.” Methods 118: 50-59.