热烈祝贺我公司和客户合作研究在BBA-Gene Regulatory Mechanisms 上发表文章
——记RNA结合蛋白CELF1的新功能
文稿撰写by陈栋
CELF1 preferentially binds to exon-intron boundary and regulates alternative splicing in HeLa cells
热烈祝贺 华中科技大学 生命科学院 张礼斌副教授使用我公司的RNA-seq和RIP-seq技术和高通量测序平台在BBA-gene regulatory mechanisms 上发表题为“CELF1 preferentially binds to exon-intron boundary and regulates alternative splicing in HeLa cells”的文章，揭示了RNA结合蛋白（RBP） CELF1在HeLa细胞中对转录本可变剪接（AS）的调控作用。该项目得到国家自然科学基金以及我公司RBP研究等基金项目的支持。华中科技大学 生命科学院为该研究提供了重要的资源和技术支持。我公司在技术上，以及后期的科学发现上起到了重要的推动作用。该文第一作者为华中科技大学生命科学院博士生夏恒，通讯作者为中科技大学生命科学院张礼斌副教授、我公司的CEO兼首席科学家 张翼博士。
BBA-gene regulatory mechanisms的影响因子为5.018，为生物学大类2区杂志。
在本项研究中，张礼斌学科组及其合作者利用宫颈癌HeLa细胞作为研究材料，通过RNA-seq和 RIP-seq深度测序及分析，结合qRT-PCR和Western Blot等一系列实验方法和手段，进一步探索了CELF1在HeLa细胞中的结合RNA特点，及其对可变剪接的调控作用。课题组首先通过对CELF1敲除的细胞系进行RNA-seq测序及分析，结果显示CELF1可以广泛地影响转录后RNA的可变剪接。在基因组层面，CELF1可以有效地促进一些exon的保留，进而影响后期的蛋白质翻译。为了进一步研究CELF1调控AS的机制，课题组进行了RIP-seq，分析结果揭示了CELF1在HeLa细胞中结合的靶标基因。在本项目中我公司首次开发了Peak calling分析流程，突破了此前RIP-seq测序结果不能分析结合基序的局限，成功地解析了CELF1的结合位点。
整合转录组数据及RIP-seq的分析结果，课题组发现CELF1在HeLa细胞中，会更加倾向于结合5’剪接位点和3’剪接位点，从而影响AS的发生；这一发现为CELF1调控可变剪接的机制又推进了一步。此外通过分析CELF1结合的基因，还有一个有趣的发现，CELF1可能会通过结合到剪接体相关的RNA，来影响剪接体蛋白的含量，从而间接影响AS的发生。这也为CELF1调控AS的研究提供了一个新的方向。最后，文章以CELF1影响LMO7第16号外显子（exon）的可变剪接为切入点，重点解析了CELF1对LMO7的调控作用。
本研究重点揭示了RBP蛋白CELF1对可变剪接的调控作用。RBP蛋白在细胞的各种功能中扮演非常重要的角色。对于RBP的研究，可以很好的帮助我们理解转录后调控的分子机制。因此我公司推出了针对广大科研工作这的一款RBP产品：敲除和过表达的RNA-seq，以及iRIP-Seq，同时附赠细胞学实验结果。通过RNA-seq和iRIP-Seq，可以很好地揭示RBP的功能机制以及作用方式。
原文链接：http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1874939917300871