Argonaute CLIP Defines a Deregulated miR-122-Bound Transcriptome that Correlates with Patient Survival in Human Liver Cancer

miR-122是一个肝脏组织特异表达的miRNA,长度在21-22 nt。miR-122通过和Ago蛋白的结合,会进一步结合到靶标基因的3’UTR上面,从而造成基因的转录后调控,会造成数百个基因的表达抑制。miR-122在肝脏中的功能研究已经比较多,尤其是在肝癌发生过程中的研究。miR-122的敲除并不会太大影响肝脏的发育和功能,但会造成年轻人的肝脏炎症反应以及脂肪肝,在年老人群中,会进一步引起肝癌。在肝癌病人中,前人也发现了miR-122的低表达。综合上述结果,miR-122被认为是一个抑癌因子,而且可以进一步作为肝癌治疗的一种药物靶点。但是到目前为止,miR-122在肝脏中的调控网络,以及作用的靶基因之间的关系还不是很完善。

CELF1 preferentially binds to exon-intron boundary and regulates alternative splicing in HeLa cells

RNA结合蛋白(RBPs)参与到了转录后调控,包括RNA的可变剪接,RNA的空间折叠,从而导致RNA的表达量的变化。因此精确确定RBPs在RNA上的结合位置和结合特点是至关重要的。目前已经有成功解析RBP结合位点的方法,如CLIP-seq。但CLIP-seq也有很多的缺陷:如实验复杂,成功率低,文库的丰富度不够。和CLIP-seq比较类似的RIP-seq,虽然少了一些步骤,但获得的结果和CLIP-seq比较类似。最近有一项研究报道,使用DO-RIP-seq技术,也可以成功地获得RBPs的结合位点。而且能够获得更好的丰富度,这为RIP-seq分析RBPs的结合位点提供了方案和依据。