Relating the metatranscriptome and metagenome of the human gut.

最新关联宏基因组和宏转录组的一项研究 “Relating the metatranscriptome and metagenome of the human gut”,在线发表于2014年5月19日的《PNAS》杂志。这种技术是由美国Forsyth研究所、麻省综合医院和哈佛大学公共卫生学院等处的科学家开发的,该方法不需要专业人员和设施就可以收集用于基因组和转录组分析的唾液与粪便,同时还能保持样品的完整性;可减轻受试对象的一些负担,将使我们能够不受地理限制,开展纵向研究和大规模的收集研究这种方法也为消化道微生物组的基因组成和乳糜泻、口腔癌、牙周炎和肥胖症相关的细菌,提供了新的视角。

Targeted resequencing of the microRNAome and 3’UTRome reveals functional germline DNA variants with altered prevalence in epithelial ovarian cancer.

癌症的预测和早期诊断一直是医学界的难题,尽管已经有一些与癌症相关的基因异常得到鉴定,然而目前鉴定出来的与癌症相关的遗传性突变均定位于DNA的蛋白编码区,而且数目非常稀少。虽然全基因组范围内鉴定出了大量的非功能性突变,但是这些成果在医学诊断方面的用处并不大,其中一个可能的限制因素在于目前的研究主要局限于蛋白编码区的测序检测。

Whole-exome sequencing of circulating tumor cells provides a window into metastatic prostate cancer.

想要更加精确的对癌症患者进行诊断,就必须对肿瘤组织的基因组特征有更加清晰的了解,而该目的常常由于难以接近或获得肿瘤组织,或者能够得到的样品数过少使得研究者难以达到。收集循环系统中的肿瘤DNA或CTCs(circulating tumor cells)是一种比较有效的解决办法。但是使用CTCs进行测序分析的一个难点在于血液中存在的CTCs的数量非常稀少,因此构建文库的时候很容易出现过度扩增导致扩增偏向性和聚合酶错误。解决这个问题的一个思路是对同一个样本构建多个文库,然后对构建的文库进行统计学分析。研究人员运用该策略对前列腺癌的CTCs进行了测序分析。

热烈欢迎英国皇家科学院院士再次访问生命之美

武汉今年的天气格外宜人,初秋的8月凉爽舒适。8月10-11日,武汉生命之美科技有限公司迎来了英国皇家科学院院士David Lilley教授继2012年参观访问生命之美后的再次学术访问。2012年访问后,Lilley教授成为生命之美公司第一个英国合作伙伴,共同研究RNA结合蛋白在活细胞内的结合结构特点。Lilley教授于2013年被聘为生命之美科学顾问委员会(Science Advisory Board)的资深委员。 在访问期间Lilley教授在生命之美做了一场精彩的学术报告。Lilley教授学术报告的题为:“The k-turn structural motif in RNA”。Lilley教授生动讲解了有关k-turn motif在生物界中的重要性,以及他所带领的团队在K-turn motif结构和折叠方面的最新研究进展,以他团队最近被Nature Communication接受的的一篇文章为核心,着重介绍k-turn RNA基序结构的数据库构建以及该基序结构影响RNA折叠及其与蛋白相互作用等方面的前沿领域研究成果,极大开拓了与会者的科学与技术视野。访问期间,Lilley教授听取了生命之美技术总监吴启家博士就合作项目进展所做的报告,生命之美CEO张翼博士和Lilley教授,以及吴博士讨论了进一步合作的方向。Lilley教授专门与张翼博士和吴博士分享了他最新在Nature Chemical Biology上发表的Twister核酶的精致结构(http://www.nature.com/nchembio/journal/vaop/ncurrent/full/nchembio.1587.html)。

热烈欢迎巴黎十一大Denise教授访问生命之美

2月17-20日,法国巴黎第十一大学的计算机与生物信息学教授Alain Denise参观访问武汉生命之美。Denise教授是该校生物信息学专业的创建人之一。2000年受聘于CNRS(法国国家科学研究院)与 IGM(遗传与微生物研究所,由巴黎十一大和CNRS的联合研究所),开始从事生物信息学研究,在RNA结构预测和分析,以及计算机基因组分析领域颇有建 树。我公司荣幸邀请到Denise教授为生命之美的员工及部分合作团队的科研骨干进行了生物信息学培训,培训题目为“A tutorial on RNA folding methods and resources”。

热烈欢迎英国皇家科学院院士访问生命之美

6月27-28日英国皇家科学院院士David Lilley教授参观访问生命之美。我们非常荣幸的邀请到Lilley教授为生命之美的员工,及其合作团队的研究员、博士、硕士研究生们做了一场精彩的学术报告。Lilley教授做了题为“The k-turn motif in RNA: structure, folding and protein binding”的学术报告。深入浅出介绍了有关k-turn RNA基序的结构,折叠及其与蛋白相互作用的前沿领域研究成果,极大开拓了与会者的科学与技术视野。