Genome Reseq 应用:Targeted resequencing of the microRNAome and 3’UTRome reveals functional germline DNA variants with altered prevalence in epithelial ovarian cancer

癌症的预测和早期诊断一直是医学界的难题,尽管已经有一些与癌症相关的基因异常得到鉴定,然而目前鉴定出来的与癌症相关的遗传性突变均定位于DNA的蛋白编码区,而且数目非常稀少。虽然全基因组范围内鉴定出了大量的非功能性突变,但是这些成果在医学诊断方面的用处并不大,其中一个可能的限制因素在于目前的研究主要局限于蛋白编码区的测序检测。

MicroRNA directly enhances mitochondrial translation during muscle differentiation.

7月31日,国际著名期刊Cell报道了关于肌肉细胞分化过程中miRNA对线粒体中蛋白翻译系统调控的最新研究成果,我公司首席科学家张翼博士参与了该项目的指导研究。

MicroRNA (miRNA)是一类长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA分子,通常情况下,它能与胞质中的mRNA的特定位点结合,导致mRNA的降解或抑制蛋白质的合成,但在特定细胞环境中,如血浆饥饿细胞,miRNA也能促进基因转录与表达。

miRNA对线粒体中蛋白翻译系统调控的新模式

7月31日,国际著名期刊Cell报道了关于肌肉细胞分化过程中miRNA对线粒体中蛋白翻译系统调控的最新研究成果,我公司首席科学家张翼博士参与了该项目的指导研究。
MicroRNAs (miRNAs)是一类长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA分子,通常情况下,它能与胞质中的mRNA的特定位点结合,导致mRNA的降解或抑制蛋白质的合成。这篇文章中,研究人员发现在小鼠C2C12细胞的胞质和线粒体基质中同时存在miR-1,它会结合到不同的靶基因上,参与到不同调控机制中。
在胞质中,miR-1与Ago2和GW182家族蛋白组成的RNA沉默复合体,抑制靶基因转录。但是,当肌细胞处于生长或分化等特殊时期,需要额外的能量供给,胞质中的miR-1就会同Ago2蛋白一起,进入到线粒体基质中,但GW182家族蛋白则无法一同进入,且由于线粒体DNA所转录的mRNA没有5’ 帽子结构,在线粒体内miR-1-Ago2复合体不再是抑制基因转录,它会结合到ND1、COX1等基因的mRNA上,增强它们的翻译能力,进一步促进氧化磷酸化,从而提供更多的能量。

N6-methyladenosine-dependent regulation of messenger RNA stability.

腺苷酸N6位甲基化是高等真核生物最普遍的RNA修饰,虽然该修饰被发现与细胞的形态和发育相关,但其具体的调控方式却一直未被报道。2014年1月,Wang等人在Nature杂志上以letter的形式,首次报道了m6A调控基因表达的方式。该研究发现
m6A修饰的RNA可以被YTHDF2蛋白特异识别,被该蛋白结合会导致mRNA转运到p-body,从而导致mRNA的降解。因此m6A修饰可以调控mRNA的翻译和稳定性,在该修饰被发现近40年后,首次从机制上揭示了其调控方式。

Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis.

人们的肠道中存在着大量微生物,正常粪便中有超过三分之一的物质是这些微生物的菌体。肠道菌群中不同菌种所占的比重,以及每个菌种所处的不同生活状态,都可能反映乃至影响人体的健康状态。肝硬化作为备受重视的全球性疾病。肝脏通过肝门以及胆汁分泌系统与肠道相通。肝硬化会对肠道微生物造成什么影响,而肠道菌群的变化,又如何左右肝硬化的病情发展?一篇最新的《Nature》论文对此进行了深入研究。

Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency.

circular RNA是mRNA剪接的特殊产物,是一类具有潜在重要调控功能的RNA。但到目前为止,人体内究竟有多少种circular RNA,这些circular RNA究竟有什么生物学功能,还是一个有待研究的问题。最近,Nature杂志发表了一篇题为“Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency”的文章,对任何小鼠体内的circular RNA进行了系统鉴定,并对其可能的生物学功能进行了研究。

A promoter-level mammalian expression atlas.

哺乳动物个体包含至少400种细胞类型,这些细胞类型都具有一个相同的基因组,却具有独特的基因表达特征,从而具有不同的形态乃至生物学功能。不同细胞类型的特性是由转录调控决定的。目前为止我们还缺乏对生物体转录调控的全面的了解,直到最近 FANTOM 等几个团队联合发表了题为“A promoter-level mammalian expression atlas”的文章,通过CAGE-seq的方法对人和小鼠的转录起始位点(TSS)和启动子使用、转录因子调控进行了全面的描述。