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A promoter-level mammalian expression atlas.

1.文章简介

文章题目 A promoter-level mammalian expression atlas
中文题目
期刊名 Nature IF:38.138
作者
发表时间 2014
实验材料
测序平台
相关产品 CAGE-seq

哺乳动物个体包含至少400种细胞类型,这些细胞类型都具有一个相同的基因组,却具有独特的基因表达特征,从而具有不同的形态乃至生物学功能。不同细胞类型的特性是由转录调控决定的。目前为止我们还缺乏对生物体转录调控的全面的了解,直到最近 FANTOM 等几个团队联合发表了题为“A promoter-level mammalian expression atlas”的文章,通过CAGE-seq的方法对人和小鼠的转录起始位点(TSS)和启动子使用、转录因子调控进行了全面的描述。

研究者对涵盖了绝大多数人类细胞类型的包括573份原代细胞、152份组织和250份癌症细胞,以及 399份小鼠的样品进行了CAGE-seq的研究。在对表征潜在的转录起始位点的峰的鉴定之后,研究者在人的样品中共获得了约350万个潜在的转录起始位点,在小鼠中获得了约209万个潜在的转录起始位点。鉴定出的TSS位点附近都有很强的H3K4me3和H2AZ等修饰的富集,一方面证明数据的可靠性,另一方面也确认表观遗传学修饰在基因表达调控中的重要作用。

进而作者对由CAGE-seq数据获得的基因表达进行分析,发现人类中约80%基因的表达是组织特异性的,而严格意义上的持家基因只有约6%;对这些基因启动子的保守型分析发现,持家基因的启动子保守型远大于组织特异性表达的基因。在所有基因的启动子中,lncRNA的启动子保守型最差,但已知的广谱表达的lncRNA的启动子也非常保守,说明lncRNA起重要的调控作用,同时存在一些持家lncRNA。

另外,保守的具有CpG岛和TATA box启动子的基因倾向于广谱表达,而超过92%的不具有CpG岛和TATA box的基因 为组织特异性表达的。另一方面,大约十几个基因编码的RNA的表达量占到了总mRNA表达量的20%以上,这些基因的启动子大都被ETS和YY1这2个启动子结合。

该工作使用CAGE-seq的方法,同时获取了基因的表达量信息、转录起始位点信息和启动子信息;同时使用大量样本,全面勾画出了人类组织的特征性的基因表达,以及转录调控在决定基因表达中的关键作用。
http://114.115.208.242/wp-content/uploads/2014/09/A-promoter-level-mammalian-expression-atlas..jpg

原文出处:

Forrest AR, Kawaji H, Rehli M, Baillie JK, de Hoon MJ, Lassmann T, Itoh M, Summers KM, Suzuki H,Daub CO, et al (2014) A promoter-level mammalian expression atlas. Nature 507:462-470.

菊子曰 菊子曰:支持多个微博网站的微博同步工具!
Category: CNS-Reading2014年9月4日
标签: CAGE-seq
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武汉生命之美科技有限公司成立于2010年7月,是一家专注于将高通量测序技术(NGS)转化为科学发现和产业应用的生物高科技企业。生命之美使用新一代测序技术和RNA-蛋白质互作的科学技术优势,短短数年时间,就成长为一个拥有强大实验室和科研实力的合作平台。生命之美不但已经与各高校、研究所的实验室一起合作science,也启动了与普通大众一起science的模式,希望以健康产品服务每一名个体。生命之美为爱和梦想而来,它期待着与中国、一带一路各国乃至全球的伙伴们一起做一个前所未有的科学梦:用科学祝福全球!

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