Temporal Stability of the Human Skin Microbiome

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本研究利用宏基因组手段，对12位健康人，3个不同取样时间点，17皮肤部位进行了研究。结果显示尽管不同皮肤部位的理化性质不同，但是细菌整体随时间变化较稳定。足部皮肤的微生物群落可变性最高。瞬时物种主要是真核生物的病毒。不同部位的皮肤微生物群落研究为疾病状态提供了新的提示。

Distinct patterns of somatic genome alterations in lung adenocarcinomas and squamous cell carcinomas

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1. 肺癌是全球最常见的癌症，死亡数量居首。每年，有超过500万例肺癌登记，其中85%属于非小细胞肺癌。这种类型的肺癌，主要是由两个亚型代表：肺腺癌和肺鳞状细胞癌。它们可能起源于不同的环境因素或生物过程，但吸烟并不总是主要原因。
2. 近来很多组学方法被用于区分诱发肺腺癌和鳞状细胞肺癌的司机突变（driver mutations）和癌症引起的基因组不稳定所造成的乘客突变（passenger mutations），从而鉴定出新的肺癌相关基因。

Robust transcriptome-wide discovery of RNA-binding protein binding sites with enhanced CLIP (eCLIP)

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RNA结合蛋白（RNA-binding proteins, RBPs）已被认为是调节基因表达的关键因素。RNA在什么时候，什么地点以什么速率被加工，转运和细胞内的翻译控制一直是研究热点。已有的研究表明这些调节是必须的，因为RBP功能的缺失会导致很多不同的遗传和躯体的疾病，例如神经病变，自身免疫缺陷和癌症等。为了发现RBPs是如何对RNA加工产生影响的机制，大量的新技术如RNA免疫共沉淀（RNA immunoprecipitation, RIP），紫外交联免疫沉淀（crosslinking-immunoprecipitation, CLIP）等被广泛使用。当一些高通量测序（-seq）与CLIP方法结合例如, photoactivatable-ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP)和individual-nucleotide-resolution CLIP (iCLIP)之后RNA在体内与单核苷酸结合位点的识别将会得到很大改善。然而，当前的CLIP方法在技术上具有一定的挑战性，例如较高的失败率，CLIP-seq文库经常出现极低的complexity:在已发表的279个CLIP数据集中经过PCR重复之后有高达83.3%的CLIP-seq数据会被丢掉。此外当iCLIP由ENCODE进行大量处理时，RBPs文库产生的成功率会地很多，尤其是对那些没有被注释的RNA结合结构域。因此提高文库成功率将显著降低测序成本，极大地提高生物和技术的可重复性，并且可以使低丰度RBPs和很少靶标RNA的RBPs的RBP位点更容易识别。