新冠论文08 | 预测预报源于中国武汉新冠病毒爆发潜在的国内外传播:一个模型研究
自2019年12月31日以来,中国武汉市报告了由新型冠状病毒(2019-nCoV)引起的非典型肺炎疫情。病例已扩散到中国其他城市以及国际上,有可能引发全球疫情。在这里,我们根据武汉向中国大陆以外城市输出的病例数量,对武汉的疫情规模进行了估计,并预测了国内和全球流行病的公共卫生风险程度,同时考虑了社会和非药物预防干预措施。
自2019年12月31日以来,中国武汉市报告了由新型冠状病毒(2019-nCoV)引起的非典型肺炎疫情。病例已扩散到中国其他城市以及国际上,有可能引发全球疫情。在这里,我们根据武汉向中国大陆以外城市输出的病例数量,对武汉的疫情规模进行了估计,并预测了国内和全球流行病的公共卫生风险程度,同时考虑了社会和非药物预防干预措施。
为了研究中国和泰国新冠病毒(2019-nCov)爆发的遗传多样性、时间起源和进化史,本文分析了12个已经公布的病毒基因组序。这12个病毒均有已知的采样日期(2019年12月24日及2020年1月13日)和采样地点(主要是中国湖北省武汉市,也有泰国曼谷)。本研究对这些基因组序列进行了系统发育和似然映射分析。
基于我们的研究结果,新冠病毒的星型信号和拓扑结构可能暗示着潜在大规模的“第一代”人传人病毒传播。
在这项回顾性、单中心的研究中,我们纳入了2020年1月1日至1月20日在武汉金银潭医院确诊的所有新冠病毒的病例。结论显示,新冠病毒感染为群体性起病,更容易感染患有合并症的老年男性,可导致严重甚至致命的呼吸系统疾病,如急性呼吸窘迫综合征。总的来说,死亡患者的特征符合MuLBSTA评分,该评分是预测病毒性肺炎死亡的早期预警模型。MuLBSTA评分在预测新冠病毒感染死亡风险中的适用性需要进一步研究。
新型冠状病毒(新冠病毒)感染的肺炎(NCIP)的最初病例于2019年12月和2020年1月发生在中国湖北省武汉市。我们分析了武汉市前425例确诊病例的数据,以确定新型冠状病毒肺炎的流行病学特征。结论显示,有证据表明自2019年12月中以来在亲密接触者之间已发生人与人之间的传播。如果类似的动态在其他地方也适用,则将需要采取大量努力来减少传播以控制暴发。预防或减少传播的措施应在高危人群中实施。
一种被命名为2019-nCoV的新型冠状病毒正成为全球性的公共健康威胁并引起关注。在本文中,我们对这种新病毒提供了一个初步的进化和分子流行病学分析。用能够获得的15个新冠病毒全基因组序列和来自gene bank的12个序列高度相似的冠状病毒全基因组序列(5个来自SARS冠状病毒,2个来自中东呼吸综合症冠状病毒,5个来自蝙蝠SARS样冠状病毒)我们建立了一个进化树。FUBAR分析显示,核衣壳和刺突蛋白有一些位点处于正向选择压力下,而同源建模帮助解释了病毒间的一些分子和结构差异。进化树显示新冠病毒显著的与2015年分离的蝙蝠SARS样冠状病毒聚类在一起,而结构分析显示S和核衣壳蛋白发生了突变。根据这些结果,新冠病毒可以被认为是一种区别于SARS病毒的冠状病毒,可能通过在蝙蝠或其他宿主上的突变获得感染人类的能力并传播给人类。
2019年12月,一群不明原因的肺炎患者被发现与中国武汉一家海鲜批发市场有关。通过对肺炎患者的样本进行严格测序,发现了一种新型的β冠状病毒——2019-nCoV(分离自人的气道上皮细胞)。2019-nCoV是感染人类的第七种冠状病毒,不同于之前的MERS-CoV和SARS-CoV。正在进行加强检测和进一步调查。
2020年1月10 日,我们登记一个6人的家庭,这个家庭成员曾在2019年12月29日至2020年1月4日从深圳去武汉旅游。6名家庭成员中有5名感染了新型病毒。此外,还有一个家庭成员没有去武汉,但在与4名家庭成员接触数天后感染了该病毒。这些家庭成员没有接触武汉的市场或动物,但其中两人去过武汉的医院。暴露3-6天以后,5名家庭成员(年龄在36-66岁之间)出现发热、上呼吸道或下呼吸道症状,并且伴随腹泻,或者上述综合症状。
2019-nCoV,一种新的冠状病毒,引起了最近出现在中国武汉的多个肺炎病例。我们报道了这些肺炎病人的流行病学、临床、实验室、影像学等方面的特征以及采取治疗方法和临床结局。2019-ncov感染导致严重呼吸道疾病群集,类似于严重急性呼吸综合征冠状病毒引起的症状,并与ICU入院和高死亡率相关。目前对该疾病的起源、流行病学特征、人类传播持续时间以及临床疾病谱的认识存在不足,需要通过后续研究补充完善。
CircRNA是一类环状的RNA分子,在植物、动物等真核生物中广泛存在,circRNA表达与包括疾病在内的多种生理过程密切相关,circRNA的产生机制及其功能逐渐成为研究热点。本次和大家分享非编码RNA领域杰出科学家,中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所研究员陈玲玲于2016年2月发表在NATURE REVIEWS MOLECULAR CELL BIOLOGY的综述论文,跟着大牛一起快速了解circRNA领域的研究进展、存在的问题、未来的研究方向。
本文从生物信息分析和实验角度对circular RNA检出进行综述。
研究思路:1.讨论目前在实验和生物信息分析上可能导致的circular RNA错误检出;2.比较目前circular RNA检出软件的特点和不足;3.提出测试circular RNA检测是否准确的方法。
文章亮点:1.阐述了检测circular RNA时实验可能造成的误差;2.阐述了生物信息分析方法对circular RNA检测的影响,并且从多个角度比较了部分目前检测circular RNA的软件。3.提出测试circular RNA检测是否准确的方法。