NAD captureSeq indicates NAD as a bacterial cap for a subset of regulatory RNAs 原核生物RNA的NAD帽子结构

海德堡大学的Andres Jaschke研究团队于今年在Nature上报道了第一个原核生物中的 RNA 5’端帽子结构。真核生物mRNA中的5’端帽子结构不存在于原核生物中,长期以来人们认为原核mRNA中不存在5’端帽子结构。Andres Jaschke研究团队利用化学-酶捕获和NGS手段(NAD CaptureSeq)发现了细菌RNA中的5’-NAD帽子结构,并证实这种帽子结构同样具有保护RNA分子的功能。

IVT-seq reveals extreme bias in RNA sequencing

宾夕法尼亚大学的研究者们最近使用了一项新技术来检测在RNA-seq建库和测序过程中人为引入的偏好。高通量RNA测序技术已称为基因表达和转录组分析的重要手段,但人们对不同的建库方法引入的偏好(bias)了解不足,迄今为止也没有好的手段来估算这种偏好。John B. Hogenesch的研究团队展示了通过体外转录组测序(in vitro transcription seq,IVT-seq)估算偏差的方法,可能为今后的实验设计和方法改进提供参考。

Early life dynamics of the human gut virome and bacterial microbiome in infants

近期的Nature Medicine杂志来自美国华盛顿大学(St. Louis)医学院的一项最新研究发现,细菌可不是婴儿出生后“入侵”肠道的唯一生物种类,病毒也会“趁虚而入”,它们都对人体健康有着重要的影响。该研究分析了8名健康婴儿从出生到两岁的粪便样品,从而跟踪其肠道微生物组和病毒组的变化规律,,堪称肠道病毒组研究开山之作之一。

Neural circular RNAs are derived from synaptic genes and regulated by development and plasticity.

来自德国马克斯-德尔布吕克分子医学研究中心的Schuman和陈炜的研究团队,对小鼠的不同组织进行RNA深度测序,发现circRNA在小鼠大脑中高度表达而且有很大一部分来自编码突触蛋白的基因。研究显示,许多circRNA的丰度在突触形成时突然改变,说明circRNA可能在发育过程中调控突触的功能。

Circular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant, Conserved, and Dynamically Expressed.

来自德国马克斯-德尔布吕克分子医学研究中心的Rajewsky及其同事,为我们提供了一个人脑circRNA的详细图谱,环状RNAs在哺乳动物脑中格外富集、序列保守且动态表达。

环状RNAs(circular RNAs,circRNAs)是一类内源性动物RNAs。研究人员对来自不同脑区、原代神经元、孤立突触以及神经元分化期间的RNA进行了序列测定和计算机分析。在人和小鼠中分别检测到65,731和15,849个候选circRNA。circRNAs在神经元分化中是总体表达升高的,在突触中高度富集,并且与它们的mRNA isoforms相比,通常是差异表达的。circRNA表达与RNA编辑酶ADAR1的表达负相关。ADAR1沉默可诱导circRNA表达升高。

N6-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA–protein interactions.

RNA结合蛋白通过与单链RNA结合基序(RBM)的结合来控制多种细胞生物学进程,而RBM常被包埋在RNA的结构内部(单链RNA能将自身折叠成各种各样的复杂结构),从而抑制了RNA与蛋白的互作。腺嘌呤第6位氮原子的甲基化(m6A)是一种真核mRNA常见的内部修饰,m6A能被YTHDF2(YTH域家族蛋白2)识别进而影响细胞质mRNA的稳定性。