1.文章简介
| 文章题目 | Circular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant, Conserved, and Dynamically Expressed |
| 中文题目 | |
| 期刊名 | |
| 作者 | |
| 发表时间 | 2015 |
| 实验材料 | |
| 测序平台 | |
| 相关产品 | CircRNA-Seq |
来自德国马克斯-德尔布吕克分子医学研究中心的Rajewsky及其同事，为我们提供了一个人脑circRNA的详细图谱，环状RNAs在哺乳动物脑中格外富集、序列保守且动态表达。
环状RNAs（circular RNAs，circRNAs）是一类内源性动物RNAs。研究人员对来自不同脑区、原代神经元、孤立突触以及神经元分化期间的RNA进行了序列测定和计算机分析。在人和小鼠中分别检测到65,731和15,849个候选circRNA。circRNAs在神经元分化中是总体表达升高的，在突触中高度富集，并且与它们的mRNA isoforms相比，通常是差异表达的。circRNA表达与RNA编辑酶ADAR1的表达负相关。ADAR1沉默可诱导circRNA表达升高。
经典的RNA测序方法无意中丢弃了环状RNA分子，采用剔除rRNA的RNA-seq，在RNA序列读取中筛选头尾剪接点，这些剪接点是由外显子上一个受体5’端剪接点和一个下游的供体3’端剪接点组成（头对尾），并对检测到的环形剪接进行表达量估算（同一序列产生环形剪接的reads数与线性剪接的reads相比）。circRNAs旁侧的内含子含有反向互补匹配序列（RCM），从而易于反向剪接形成闭合的circRNAs。作者还提出一种H-score估算方法，可估测内含子内是否有反向互补配对，并预测能成环的外显子。
上图为circRNAs的分析流程简图，下左显示circRNAs的富集表达组织，下右H-score估测流程简图。
原文出处：
Rybak-Wolf A, Stottmeister C, Glažar P, et al. Circular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant, Conserved, and Dynamically Expressed[J]. Molecular Cell, 2015, 58(5):870–885.
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