Systematic identification of factors for provirus silencing in embryonic stem cells

1. 原病毒(provirus),是存在于宿主染色体内的,潜在的病毒染色体组,可以从一代宿主细胞转移到另一代细胞中而不使宿主破裂。
2.前人的研究显示provirus在胚胎干细胞中的表达是受到抑制的,但具体的机制尚不清楚。
3.siRNA screen ,RNA-seq、chip-seq等成熟技术为系统性鉴定细胞调控因子提供了方便。

The primate-specific noncoding RNA HPAT5 regulates pluripotency during human preimplantation development and nuclear reprogramming

1. LncRNA 长度大于200nt的非编码RNA,Long intergenic noncoding RNAs (lincRNAs)是其中的一种。
2.二代测序技术给LncRNAs的鉴定与注释带来了极大的便利。
3.研究表明在人类的转录组中存在10000多种lincRNAs,其中2/3起源于转座子。
4.HPATs 属于lincRNAs,总共有23个成员,在胚囊的发育中有较高的表达量,但它们的功能的和作用机制都不清楚。

SRSF1-Regulated Alternative Splicing in Breast Cancer

1. 可变剪接在基因表达过程中起着关键作用,最近研究表明,癌基因及肿瘤抑制因子剪接调控的紊乱与恶性肿瘤的形成关系密切。
2.SRSF1是一个典型的剪接相关蛋白,该基因被发现在人乳腺癌中呈现过度表达。同时,过表达SFSR1能够促进乳腺细胞的转化,而这一进程可能与其剪接因子的功能特性相关。
3.目前对于SRSF1对RNA的结合特性以及其调控规律还不太清楚。
4.一些研究报道表明,在果蝇和小鼠中SRSF1能够调控一系列基因的选择性剪接,但是这种剪接作用与人类疾病的相关性仍不明确。

Genomic Analysis of ADAR1 Binding and its Involvement in Multiple RNA Processing Pathways

交联免疫沉淀结合高通量测序技术Cross-Linking Immunoprecipitation method followed by high-throughput sequencing (CLIP-Seq)被运用于全基因组水平揭示ADAR1靶序列的结合特点。结果表明,ADAR1在U87MG细胞中能够结合的靶序列总数为23782,其中分布在约10000个蛋白编码基因中。作者分析了靶序列的分布规律,其中大部分为Alu重复序列,第一次从全基因组水平确认了ADAR1对Alu的选择偏好性。同时,发现了15%的结合位点位于非Alu区域,进一步研究表明ADAR1结合至非Alu区域能够调控3′ UTR 的选择性使用以及pri-miRNA的生成。

Discovery, Annotation, and Functional Analysis of Long Noncoding RNAs Controlling Cell-Cycle Gene Expression and Proliferation in Breast Cancer Cells

长链非编码RNAs (lncRNA)是一类长度大于200 bp,不编码蛋白质的RNA分子。大量的研究表明, lncRNA 在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用。然而,到目前为止,各类细胞中的lncRNA种类、数量、功能都不明确。

DNA demethylation dynamics in human prenatal germline cells

精子和卵子的融合是动物胚胎发育的起点,不过这一过程并不仅仅是简单的融合。哺乳动物细胞的甲基化模式是在发育中逐渐形成的,在胚胎发育初期,全基因组的甲基化模式会发生明显变化。比如说小鼠胚胎受精之前,雌雄生殖细胞具有较高的甲基化水平,胚胎着床前发生大规模的DNA去甲基化。