在哺乳动物中，发生在胞嘧啶第5位碳原子上的DNA甲基化（5mC），是非常重要的表观遗传标记，而线虫中由于检测不到5mC 和胞嘧啶DNA甲基转移酶同源物而被认为缺乏DNA的甲基化。但是来自哈佛医学院的Eric Greer教授和施扬教授的研究发现，利用MeDIP-Seq和SMRT-seq相结合，检测到线虫的DNA中存在甲基化的腺嘌呤（6mA），而且在组蛋白去甲基酶（spr-5）功能缺失的线虫中，随着生育能力一代代下降6mA的水平增高。在鉴别出调控6mA的DNA去甲基化酶后，研究人员证实除去组蛋白和DNA去甲基化酶都可以加快跨代生育能力丧失的步伐，表明6mA和组蛋白甲基化有可能协同作用传递了遗传信息。
利用MeDIP-Seq，在野生型线虫中，共检测到766个DNA 6mA的结合峰（peak），并在314个结合峰中检测到AGAAGAAGAAGA基序。
可变聚腺苷酸化（alternative polyadenylation, APA）是转录后水平调控的重要组成部分。约70%的人类基因都有多个polyA位点，可以产生长度不同的3′-UTR或transcript variant，极大提高了转录组的多样性。最近的研究显示肿瘤组织也有其独特的APA特征，如形成较短的3′-UTR，但人们对其的认识还远远不够充分。贝勒医学院Wei Li研究团队在Nature Communication上报道使用一种新的生物信息学算法DaPars（Dynamic analysis of Alternative PolyAdenylation from RNA-Seq）重新分析了现有的肿瘤组织RNA-seq数据，他们发现的肿瘤组织APA特征可能为癌症诊断提供新的方法。
据今年三月的Nature杂志报道，洛克菲勒大学的Sohail F. Tavazoie团队发现m6A（N6-methyladenosine）是促进microRNA生成的关键性转录后修饰。初级microRNA（pri-miRNA）需要经过一系列的加工才能形成成熟的miRNA，这其中的第一步是由DGCR8识别pri-miRNA茎环结构，再招募DROSHA切割双链RNA，生成前体miRNA（pre-miRNA）。在此之前，DGCR8如何在众多转录本二级结构中识别并结合pri-miRNA的结构并不清楚。