Determination and Inference of Eukaryotic Transcription Factor Sequence Specificity
TFs(transcription factor DNA sequence)是与转录因子结合的DNA片断，长度通常在5~20 bp范围内。转录因子与DNA序列的结合具有序列偏好性，这种偏好性能指导转录因子的调控行为。但目前所研究的TFs尚不足全部数目的1%。
Discovery, Annotation, and Functional Analysis of Long Noncoding RNAs Controlling Cell-Cycle Gene Expression and Proliferation in Breast Cancer Cells
长链非编码RNAs (lncRNA)是一类长度大于200 bp，不编码蛋白质的RNA分子。大量的研究表明, lncRNA 在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用。然而，到目前为止，各类细胞中的lncRNA种类、数量、功能都不明确。
DNA demethylation dynamics in human prenatal germline cells
精子和卵子的融合是动物胚胎发育的起点，不过这一过程并不仅仅是简单的融合。哺乳动物细胞的甲基化模式是在发育中逐渐形成的，在胚胎发育初期，全基因组的甲基化模式会发生明显变化。比如说小鼠胚胎受精之前，雌雄生殖细胞具有较高的甲基化水平，胚胎着床前发生大规模的DNA去甲基化。
DNA methylation signatures of lncRNA in porcine adipose and muscle tissues
长链非编码RNAs（lncRNA）是一类长度大于200nt，不编码蛋白质的RNA分子。与mRNAs相识，lncRNA也是由RNA聚合酶II转录，经历剪接和多聚腺苷酸化。根据它们与蛋白质编码基因的相对定位，lncRNA可分为反义转录物（antisense transcripts）、长链基因内非编码RNAs（long intronic noncoding RNAs）和长链基因间非编码RNAs（long intergenic noncoding RNAs, lincRNAs）。有一些lincRNA已被证明在多种生物学过程如剂量补偿、转录调控、表观遗传调控和细胞多能性维持等中发挥重要作用。以往的研究也证实lincRNA在脂肪生成和肌肉组织发育中发挥作用。
Dynamic analyses of alternative polyadenylationfrom RNA-seq reveal a 30-UTR landscape acrossseven tumour types
选择性多聚腺苷酸化（APA）是一种常见的真核生物前体mRNA转录后加工方式，其结果是从前体mRNA上加工出不同的mRNA。人类约70%基因通过多聚腺苷酸不同而产生各种转录亚型。因此，APA有可能是决定生物体种间差异的重要基因。目前，均已证实APA与多种疾病相关，但其对于肿瘤发生的临床意义、具体分子机制及功能性结果等尚处于研究的起步阶段。
Systematic Profiling of Poly(A)+ TranscriptsModulated by Core 3’ End Processing andSplicing Factors Reveals Regulatory Rules ofAlternative Cleavage and Polyadenylation
在真核生物中，信使RNA（mRNA）前体剪切和聚腺苷酸化（C/P）是一种机制，令mRNA分子和长链非编码RNA的3’端由RNA聚合酶II切断。聚腺苷酸化位点一般认为位于顺式作用元件的上游或下游区域。与RNA聚合酶II核心启动子区结合的聚腺苷酸化核心信号区是两个蛋白质形成的复合物。哺乳动物中，上游的作用元件有距离聚腺苷酸化位点约40个碱基处的多聚腺苷酸化信号（PAS），位于多聚腺苷酸化信号上游的UGUA元件以及多聚腺苷酸化信号周围的尿嘧啶核苷（U）富集区。下游的作用元件则包括距聚腺苷酸化位点下游100碱基的尿嘧啶核苷（U）和GU富集区。早前的研究表明大部分真核基因在不同生理病理条件下会发生聚腺苷酸化水平和模式的变化，但是细胞中调控聚腺苷酸化的机理尚不清楚。本文中，研究人员结合基因敲除和高通量测序技术来研究聚腺苷酸化的调控机理，多个调控因子，包括：CFI-25/68、PABPN1、PABPC1、Fip1 and Pcf11，被证实在3’端非编码区的聚腺苷酸化事件中发挥重要作用，Fip1 和 Pcf11主要是增强近3’端聚腺苷酸化位点的功能，而CFI-25/68、PABPN1和PABPC1则是增强远3’端聚腺苷酸化位点的功能。受CFI-25/68或Fip1调控的聚腺苷酸化对顺式调控元件具有很强的偏好性，并且位点之间的距离在聚腺苷酸化调控中也起着重要作用。此外，他们还发现内含子的聚腺苷酸位点受到剪接因子的调控，U1主要是抑制靠近基因5’端内含子上的聚腺苷酸事件，而U2则通过促进基因剪接来抑制内含子上的聚腺苷酸事件。当聚腺苷酸位点接近转录起始位点时，PABPN1抑制该转录本的表达，提示PABPN1可能在RNA降解中起作用。受到核心因子调控的聚腺苷酸事件同时也受到细胞分化发育的调控，但趋势截然不同。
外显子组测序技术揭示幼年型粒单核细胞白血病的基因变异全貌
幼年型粒单核细胞白血病，简称JMML，多发于2岁以下的婴幼儿，患儿常表现为骨髓异常增生。目前骨髓移植术是治疗该病的唯一手段，但是该治疗在不同患者之间差异较大，为了更好的了解JMML发病机制的全貌，加州大学的研究者们采用外显子组技术结合转录组和BS-seq多方位全面展示了基因变异的全貌。
全基因组外显子测序揭示增生性黑色素瘤存在多种激活MAPK通路基因的突变
黑色素瘤是一种产生黑色素的恶性肿瘤，好发于皮肤、黏膜等处。纤维增生性黑色素瘤属于黑色素瘤的一种，患者主要为长期接受日光照射的老年人群。早期发病由于缺乏色素沉积，且伴随大量增生组织，因此早期常常误诊，造成患者治疗时机的错失。对于这种容易误诊的疾病，基于高通量测序和海量数据分析获得的分子标志物似乎成为未来医疗的希望。
Inner workings of thrombolites: spatial gradients of metabolic activity as revealed by metatranscriptome profiling.
微生物岩是由微生物及其环境的代谢相互作用形成的沉积物。这些岩化微生物群落代表着地球上最古老的生态系统之一，但这些微生物群落功能的分子机制知之甚少。
Metatranscriptome analyses indicate resource partitioning between diatoms in the field.
不同类群的海洋浮游植物进行着全球一半的初级生产。浮游植物巨大的多样性长期以来困扰着生态学家，因为这些微生物共存于一个同质的环境，同时争夺相同的基本资源（如无机养分）。资源的差异化生态位分离是一种假说来解释这种”悖论的浮游生物”，但很难原位量化和跟踪浮游植物的代谢变化。