外显子组测序技术揭示幼年型粒单核细胞白血病的基因变异全貌

1.文章简介

幼年型粒单核细胞白血病，简称JMML，多发于2岁以下的婴幼儿，患儿常表现为骨髓异常增生。目前骨髓移植术是治疗该病的唯一手段，但是该治疗在不同患者之间差异较大，为了更好的了解JMML发病机制的全貌，加州大学的研究者们采用外显子组技术结合转录组和BS-seq多方位全面展示了基因变异的全貌。
课题组采用全外显子技术分析了22名患儿骨髓样本以及配对的正常体细胞样本，鉴定出主效基因15个，其中NF1、NRAS、KRAS、PTPN11或CBL在85%的患者中均有检出，这些基因涉及的生物学通路包括RAS通路、信号转导、转录因子、表观调控和剪接复合体。后续为了验证这批基因的可靠性，研究者设置了71名患者的校验组，采用覆盖度1380倍的靶向重测序技术进行了检验。这批患者的RNA-seq数据显示发生变异的基因在转录水平上与对照也存在差异。该研究综合了高通量测序平台在遗传水平的主要技术手段（外显子组、靶向重测序、BS-seq），为疾病研究提供了很好的思路。

原文出处：

Shain A H, Garrido M, Button T, et al. Exome sequencing of desmoplastic melanoma identifies recurrent NFKBIE promoter mutations and diverse activating mutations in the MAPK pathway[J]. Nature Genetics, 2015.