Inner workings of thrombolites: spatial gradients of metabolic activity as revealed by metatranscriptome profiling.

1.文章简介

微生物岩是由微生物及其环境的代谢相互作用形成的沉积物。这些岩化微生物群落代表着地球上最古老的生态系统之一，但这些微生物群落功能的分子机制知之甚少。

The thrombolites from Highborne Cay, The Bahamas.

Relative abundance of the 20 most abundant taxa per domain based on expressed ribosomal RNAs from the total RNA extracts.

文章中，作者使用比较宏基因组学和宏转录组学分析来描述上层精灵岛和巴哈马群岛（一个积极形成微生物岩系统）的凝块石空间组织特征。在正午，基因表达随着溶栓垫的空间分布有差异，在垫上层3mm发现高丰度的转录本（编码光合作用、固氮和exopolymeric物质生成的基因）。脱硝和硫酸盐还原相关的转录本在整个深度剖面低丰度表达，暗示中午这些代谢不太活跃。巴哈马群岛凝块石与来自世界各地其他已知的微生物岩生态系统的比较宏基因组学表明，尽管它们有着许多共同的核心代谢途径，凝块石能反映它们来自遗传明显不同的类群。

Principal coordinates analysis of functional gene abundances of thrombolitic mat metatranscriptomes based on SEED subsystems (Level 1).

该研究是第一次展示了鲜活的微生物岩的宏转录组特征，并提供了新的分子角度研究这些微生物的代谢及其背后的遗传通路，研究这些通路如何影响岩化微生物垫生态系统的碳酸盐沉淀机制。

原文出处：

Mobberley, J.M., Khodadad, C.L.M., Visscher, P.T., Reid, R.P., Hagan, P., and Foster, J.S. (2015). Inner workings of thrombolites: spatial gradients of metabolic activity as revealed by metatranscriptome profiling. SCI REP-UK 5.