CLIP-seq (crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing)，紫外交联免疫沉淀结合高通量测序，可以高通量研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式，并揭示其在一些重要生物学过程中的功能，是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。最近，这项技术也被应用到microRNA靶标鉴定等工作中。
在这部分分析中，我们开发的分析策略为：In silico random IP（仅使用unique reads进行分析，见下图）。对选定的基因中，根据定位到此基因的observed tag number with observed length产生随机序列，对此基因进行模拟定位500次，找出500次中maximal random tag height (p_value<0.01)，如果此基因中observed max peak height
3.4 高级分析主要包括：
RNA结合蛋白（RBPs）参与到了转录后调控，包括RNA的可变剪接，RNA的空间折叠，从而导致RNA的表达量的变化。因此精确确定RBPs在RNA上的结合位置和结合特点是至关重要的。目前已经有成功解析RBP结合位点的方法，如CLIP-seq。但CLIP-seq也有很多的缺陷：如实验复杂，成功率低，文库的丰富度不够。和CLIP-seq比较类似的RIP-seq，虽然少了一些步骤，但获得的结果和CLIP-seq比较类似。最近有一项研究报道，使用DO-RIP-seq技术，也可以成功地获得RBPs的结合位点。而且能够获得更好的丰富度，这为RIP-seq分析RBPs的结合位点提供了方案和依据。
慢性阻塞性肺部疾病（Chronic obstructive pulmonary disease, COPD）是一种复杂，削弱肺部功能的疾病，主要临床和病理表现包括从气道炎症（慢性支气管炎），肺组织破坏（肺气肿）小气道重塑等（1,2）。COPD的发病机制至今仍然不明确，但是它涉及到肺部对香烟烟雾（cigarette smoke, CS）的异常炎症和细胞反应失调（1）。目前研究表明吸烟和遗传是COPD最大的危险因素（3）。本文作者之前通过对人类全基因组进行全基因组关联分析（genome-wide association studies， GWAS）确定IRP2（也称为IREB2）是COPD的主要候选基因（4-6），此后作者证明IRP2蛋白在COPD患者的肺部含量增加（4）。已有的研究表明IRP2基因位于人类15q25染色体上，该染色体上还包括编码烟碱乙酰胆碱受体的几个部件的基因。此外 GWAS分析表明15q25还与肺癌，外周动脉疾病和尼古丁成瘾相关（7-10）。铁调节蛋白（The iron-regulatory proteins, IRPs）IRP1和IRP2尤其是IRP2负责调节哺乳动物体内细胞铁离子的平衡（11）。IRPs在十二指肠，脊髓和中枢神经扮演非常重要的生理角色，同时IRPs也可能是肺动脉高压和神经性病变等疾病发病原因（12-15）。在细胞内铁耗尽的情况下，IRPs通过与位于mRNA上铁体内平衡基因的铁反应元件（iron-response elements, IREs）结合，导致其翻译被抑制从而降低铁的储存并同时增加铁摄取（12,15）。但是IRP2在肺部的生理功能以及IRP2的mRNA转录还不是很清楚，同时IRP2在肺部暴露在香烟烟雾中COPD发病的响应机制也不是很明确。因此，作者试图通过将COPD实验中小鼠模型和人COPD数据整合，阐述由香烟烟雾引起的COPD中IRP2的功能。
Sm 蛋白是一类高度保守RNA结合蛋白家族，广泛存在于生物界中。Sm蛋白在真核生物中由七个亚基组成，呈环状结构，能与相关的RNAs结合形成RNP（ribonucleoprotein，核糖核蛋白）。