1.文章基本信息
| 文章题目 | Potential of large ‘first generation’ human-to-human transmission of 2019-nCoV |
| 中文题目 | 2019年新型冠状病毒大幅“第一代”人传人的可能性 |
| 期刊名 | Journal of Medical Virology |
| 作者 | Xingguang LI, Junjie ZAI, Xiaomei Wang, and Yi Li |
| 发表时间 | 2020.1.30 |
| 作者单位 | 武汉生物工程大学病毒载体工程研究中心生物工程 |
2.研究背景
目前爆发的新型冠状病毒2019-nCoV，首次于2019年12月31日在中国城市武汉报告，可导致严重肺炎，目前已知可在人与人之间传播。
从2020年1月24日起，中国最重要的年假——春节期间，将有数亿人返乡或出国旅游。由于首批病例是在武汉发现的，因此中国和世界各地的有关部门开展了一项大规模行动，以追踪和筛查来自中国武汉的旅客。
截至2020年1月26日，中国大陆已确诊2744例新冠病毒，其中80例死亡，461例严重，51例出院，香港8例，澳门5例，台湾4例。其他国家中有33例已得到确认，包括泰国7例、日本3例、韩国3例、美国3例、越南2例、新加坡4例、马来西亚3例、尼泊尔1例、法国3例和澳大利亚4例。
值得注意的是，新冠病毒疾病以前从未在人类中发现;因此，确定新冠病毒传播途径是此次疫情最紧迫的问题。我们还必须查明新冠病毒是否有可能导致类似2002-2003年由严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)引起的暴发。SARS-CoV在中国南部出现，最终导致37个国家的774人死亡。
新冠病毒、SARS-CoV以及导致中东呼吸综合征(MERS)的病毒都是冠状病毒大家族的成员。研究表明，SARS-CoV和MERS-CoV的最初来源都是蝙蝠，而蝙蝠和人类之间的中间宿主分别是：蒙面棕榈果子狸(一种原产于亚洲和非洲的哺乳动物)和山猫。
迄今为止，新冠病毒与SARS及在蝙蝠中传播的相关病毒关系最为密切。前人的研究强烈支持此假定：新冠病毒是从武汉华南海鲜批发市场开始传播的，该批发市场出售加工肉类和活的可食用动物，这种病毒来自蛇。因此，新冠病毒的爆发意味着，为了防止人畜共患病感染，人类应该限制食用野生动物。
钟南山教授是非典干预专家，呼吸道专家，领导了中国政府新冠病毒防治专家组。在2020年1月20日访问武汉市后，钟教授证实了新冠病毒正在人与人之间传播，并进一步证实了14名医务工作者已经被一人感染，这引起了人们对病毒的“超级传播者”的担忧。测定新冠病毒菌株的基因组序列可以提供有关病毒起源和传播的关键信息。到目前为止，研究人员在中国和泰国感染者身上发现的新冠病毒毒株基因组序列的快速测序、发表和共享方面发挥了关键作用。
在本研究中, 基于12组病毒的基因组序列（采样日期：2019年12月至2020年1月13日24日，采样地点：主要是中国湖北省武汉和泰国曼谷)，我们采用前沿的方法来调查这个病毒的起源时间和潜在的快速扩张。
我们的研究为中国和泰国新冠病毒暴发的起源时间和演化历史提供深入的了解。本研究对我国乃至世界范围内的新冠病毒有效预防策略具有一定的参考价值。
3.研究方法
4.研究成果
图1. 2019-nCoV的12个基因组序列的相似映射分析。
对于每个可能的quartet(或随机的quartet样本)，三种树拓扑的可能性由等边三角形中的一个数据点表示。
三角形七个区域内点的分布反映了数据的树形特征。
具体来说，三个角表示完全解析的树拓扑;中心代表一个未解决的(星形)系统发育;而边表示对冲突树拓扑的支持。
此外,根据似然映射分析(图2)，新冠病毒的12基因序列的系统发育分析还缺乏遗传多样性。
图2. 2019-nCoV的12个基因组序列的最大似然系统发育。点是按城市的颜色编码的。树是中点生根。
采样日期与中点最大似然系统发育根的发散之间的相关性表明没有时间信号(图3)。
图3. 2019-nCoV根尖遗传距离随取样年份的回归分析。点是按城市的颜色编码的。灰色表示线性回归线。
图4 根据2019-nCOV的12个基因组序列估计出最大支链可信度树。节点附近的数字表示派生分支最可能的地理位置。节点按城市颜色编码。
与曼谷相比，武汉是扩散中心。流行病学相关城市之间的大多数病毒传播是从武汉到曼谷（平均估计为1.96；95％可信区间：0.99–2.42；贝叶斯因子= 1631）。
5.总结和讨论
基于新冠病毒的12个基因组序列，本文通过使用likelihood-mapping分析表明，新病毒传播速度非常迅速：病毒从动物宿主到人类，以及人—人之间的传播的速度都很快。
根据领导政府专家小组钟南山教授确认，14名卫生保健工作者已经被一名携带病毒的人感染。这表明，流行病的超级传播者可能是在爆发之初就已经产生，并且是发生在新型冠状病毒从动物传染到人类的时候。
此外，由于春节期间的大规模旅行可能会使这种病毒传播得更远、更快，因此了解武汉2新冠病毒的爆发，并预测这种病毒在人与人之间传播的容易程度，以及该疫情是否有可能持续下去是至关重要的。
基于我们对12个基因组序列的时间尺度系统发育分析，新冠病毒毒株缺乏或有限的多样性表明，该病毒在人类中的共同祖先可能出现在2019年11月9日。
然而，我们承认，这里提出的假说所使用的新冠病毒基因组序列的样本数量有限，其结果存在一些不确定性。因此，我们的结论应该是初步的，并且要谨慎解释。
随着疫情的发展，新的序列的加入可能会显著改变上述结果。来自武汉以及其他地区人类和动物中传播的新冠病毒的新一代基因组数据集，将有助于阐明人—人传播的范围，并确定导致这种病毒跨越物种的遗传变化。
未来的研究应包括新冠病毒的宿主间和宿主内传播的比较分析，以及更精细的尺度流行病学，以阐明不同宿主在时间和空间上的传播动态。
我们的结果表明，新冠病毒的暴发是由迁移和旅行造成的，因此在制定的干预措施，以终止新冠病毒在中国和其他国家的传播时，应该考虑局部战略、国内战略和国际战略。
综上所述，我们的研究结果强调了利用似然映射和系统发育分析来了解新冠病毒的起源、进化史和短时间内传播的重要性。在跟踪新冠病毒流行的变化时，还需要和流行病学调查相结合。在指导预防工作方面，实时了解这些流行动态对公共卫生非常重要。
译者后记：因为译者能力有限，本文的翻译和解读还有诸多不到位和错误的地方，欢迎各位读者留言讨论、批评和指正。我们会根据读者的讨论和建议及时更新这篇文章的翻译和解读，尽一点微薄之力支持大家的“抗疫”热情和国家的“抗疫”决策。
译者 | 宋斌
编辑 | 日月明
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