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Integrative genome-wide analysis reveals HLP1, a novel RNA-binding protein, regulates plant flowering by targeting alternative polyadenylation.

1.文章简介

文章题目 Integrative genome-wide analysis reveals HLP1, a novel RNA-binding protein, regulates plant flowering by targeting alternative polyadenylation
中文题目
期刊名
作者
发表时间 2015
实验材料
测序平台
相关产品 CLIP-seq

ABLife直接参与了本研究

可变聚腺苷酸化(APA)是一种普遍的基因调控机制并与开花相牵连,但植物从营养生长到生殖生长转换期间调整选择特定poly(A)位点的分子基础仍不清楚。

http://114.115.208.242/wp-content/uploads/2015/11/CLIP-seq1_1.png
HLP1 regulates flowering.
http://114.115.208.242/wp-content/uploads/2015/11/CLIP-seq1_2.png
HLP1 preferentially binds to the A- and U-rich elements in the 3′-UTR and introns of targeted transcripts

文章中作者描述了HLP1(一种核不均一核糖核蛋白A/B蛋白质)作为一种新型的在拟南芥mRNA前体的3’端加工的调节器。遗传分析表明,HLP1抑制开花位点C(FLC,拟南芥开花的一个关键阻遏)。HLP1-RNA相互作用的全基因组映射表明HLP1优先结合围绕切割和多聚腺苷酸化位点的A丰富和U丰富元件,暗示其在3’端形成中的作用。作者发现HLP1是在参与RNA代谢和开花的转录本中显著富集。综合分析poly(A)位点的使用情况发现HLP1突变导致数以千计的poly(A)位点的变化。一个远侧至近侧的poly(A)位点转变发生在开花调节基因FCA(HLP1的直接靶标)中,导致FLC表达的上调和花期推迟。

http://114.115.208.242/wp-content/uploads/2015/11/CLIP-seq1_3.pngEnriched HLP1 binding to floral genes.

 

作者的研究结果阐明HLP1是参与3’端加工一个新的因子,并通过调节APA来控制繁殖时机。

原文出处:

Zhang, Y., Gu, L., Hou, Y., Wang, L., Deng, X., Hang, R., Chen, D., Zhang, X., Zhang, Y., and Liu, C., et al. (2015). Integrative genome-wide analysis reveals HLP1, a novel RNA-binding protein, regulates plant flowering by targeting alternative polyadenylation. CELL RES 25, 864-876.

菊子曰 用菊子曰写博客,就是爽!
Category: CNS-Reading2015年11月16日
标签: clipseq
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武汉生命之美科技有限公司成立于2010年7月,是一家专注于将高通量测序技术(NGS)转化为科学发现和产业应用的生物高科技企业。生命之美使用新一代测序技术和RNA-蛋白质互作的科学技术优势,短短数年时间,就成长为一个拥有强大实验室和科研实力的合作平台。生命之美不但已经与各高校、研究所的实验室一起合作science,也启动了与普通大众一起science的模式,希望以健康产品服务每一名个体。生命之美为爱和梦想而来,它期待着与中国、一带一路各国乃至全球的伙伴们一起做一个前所未有的科学梦:用科学祝福全球!

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