1.文章简介
| 文章题目 | Formation, regulation and evolution of Caenorhabditis elegans 3’UTRs |
| 中文题目 | |
| 期刊名 | Nature IF:38.138 |
| 作者 | |
| 发表时间 | 2014 |
| 实验材料 | |
| 测序平台 | |
| 相关产品 | PAS-seq |
mRNA的3’UTR区是转录后调控的主要区域，虽然线虫的基因组已被解析，同时有大量的转录组数据支持，但截至到2011年大部分线虫mRNA的准确的poly(A)位点尚无准确注释。
为了系统的对线虫的poly(A)位点进行注释，从而更好的理解线虫的3’UTR的特征及其在转录后调控中的作用模式，Bartel研究组在2011年，通过3P-seq的方法对线虫的polyA位点进行了系统鉴定。3P-seq是对PAS-seq的改进，可以部分解决PAS-seq中internal priming导致的假阳性问题。该工作在线虫中共鉴定出了24000多个3’UTR，其中有8580个UTR是本工作中首次得到鉴定，包括5852个mRNA的UTR首次被注释。在对线虫3’UTR进行统计分析后，作者发现除了经典的也是最保守的AAUAAA基序，线虫具有其他保守的poly(A)信号，并且这些信号具有很强的偏好性：远端信号倾向于使用保守的AAUAAA信号，而近端poly(A)位点的信号则更为多样，甚至缺乏poly(A)信号。在对这些不保守的poly(A)位点分析后发现，这些mRNA poly(A)位点附近碱基U的含量很高，暗示U-rich序列可以部分替代poly(A)信号的作用。
此外，作者发现线虫3’UTR的A/U含量与其长度呈现很好的负相关性：越短的3’UTR，其A/U含量越高。同时，线虫的3’ UTR平均长度只有哺乳动物的1/6，但miRNA在这些UTR上靶标的密度却是哺乳动物的2倍。这暗示3’UTR在进化上承受很强的筛选压力，另一方面也证明3’UTR是microRNA调控的主要区域。
原文出处：
Jan CH, Friedman RC, Ruby JG, Bartel DP (2014) Formation, regulation and evolution of Caenorhabditis elegans 3’UTRs. Nature 469:97-101.
