CircRNA是一类环状的RNA分子，在植物、动物等真核生物中广泛存在，circRNA表达与包括疾病在内的多种生理过程密切相关，circRNA的产生机制及其功能逐渐成为研究热点。本次和大家分享非编码RNA领域杰出科学家，中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所研究员陈玲玲于2016年2月发表在NATURE REVIEWS MOLECULAR CELL BIOLOGY的综述论文，跟着大牛一起快速了解circRNA领域的研究进展、存在的问题、未来的研究方向。
详情本文从生物信息分析和实验角度对circular RNA检出进行综述。
研究思路：1．讨论目前在实验和生物信息分析上可能导致的circular RNA错误检出；2．比较目前circular RNA检出软件的特点和不足；3．提出测试circular RNA检测是否准确的方法。
文章亮点：1．阐述了检测circular RNA时实验可能造成的误差；2．阐述了生物信息分析方法对circular RNA检测的影响，并且从多个角度比较了部分目前检测circular RNA的软件。3．提出测试circular RNA检测是否准确的方法。
miR-122是一个肝脏组织特异表达的miRNA，长度在21-22 nt。miR-122通过和Ago蛋白的结合，会进一步结合到靶标基因的3’UTR上面，从而造成基因的转录后调控，会造成数百个基因的表达抑制。miR-122在肝脏中的功能研究已经比较多，尤其是在肝癌发生过程中的研究。miR-122的敲除并不会太大影响肝脏的发育和功能，但会造成年轻人的肝脏炎症反应以及脂肪肝，在年老人群中，会进一步引起肝癌。在肝癌病人中，前人也发现了miR-122的低表达。综合上述结果，miR-122被认为是一个抑癌因子，而且可以进一步作为肝癌治疗的一种药物靶点。但是到目前为止，miR-122在肝脏中的调控网络，以及作用的靶基因之间的关系还不是很完善。
详情由于植物中不存在特异的免疫细胞，植物免疫系统的基础是植物的每一个细胞，它们在受到病原体入侵后转录组重塑的机制已经有比较深入的研究。但对于植物免疫反应过程中对蛋白翻译的调控才刚刚起步。
详情RNA结合蛋白（RBPs）参与到了转录后调控，包括RNA的可变剪接，RNA的空间折叠，从而导致RNA的表达量的变化。因此精确确定RBPs在RNA上的结合位置和结合特点是至关重要的。目前已经有成功解析RBP结合位点的方法，如CLIP-seq。但CLIP-seq也有很多的缺陷：如实验复杂，成功率低，文库的丰富度不够。和CLIP-seq比较类似的RIP-seq，虽然少了一些步骤，但获得的结果和CLIP-seq比较类似。最近有一项研究报道，使用DO-RIP-seq技术，也可以成功地获得RBPs的结合位点。而且能够获得更好的丰富度，这为RIP-seq分析RBPs的结合位点提供了方案和依据。
详情转座子在真核生物基因组中被视为是“自私的遗传因子”，通过不同的方式来调控基因并参与基因组的进化。人类基因组中超过一半的位置包含转座子。Alu 因子属于一类短点缀的核因子，隶属于重复因子。Alu因子在基因组中的含量超过了10%。Alu因子的功能是非常强大的，可以作为剪接受体，组织mRNA的翻译，造成基因组的不稳定等。Alu因子主要是RNA编辑酶ADAR的靶标；Alu外显子的形成受HNRNPC的抑制。但是在细胞核中，翻转的Alu因子形成的RNA二级结构对RNA加工的作用依然是未知的。因此，对于Alu因子的研究显得尤为重要。RNA结合蛋白会结合到Alu因子上，如ADAR，对Alu因子的功能起到调控作用
详情RNA结合蛋白ZFP36家族可通过结合3’UTR区域AU-rich元件促进mRNA降解和抑制基因表达。在这篇文献中，研究者们发现了ZFP36家族成员ZFP36L1的一项新功能，通过对转录因子IRF8和KLF2的表达抑制，调控多个下游信号转导、细胞黏附和迁移基因的表达，控制边缘区B细胞的生存和特征维持。这项研究展示了RNA结合蛋白如何通过整合转录后调控和转录调控途径，促进细胞特征维持的调控机制。
详情转录和剪切被RNAP II和剪切体分别调控。当新生的RNA还被Pol II 链接在DNA 上，剪切就已经开始发生，这也创造了剪切与转录互相调控的机会。比如，转录可被基因中存在的intron调控。同时，PolII的延伸也影响可变剪切，较慢的Pol II可更多识别弱的剪切位置。
详情miRNA是基因表达的重要调控因子并且不仅参与众多不同的细胞通路还参与胚胎发育和组织恒定。转录后，初级miRNA转录本含有发夹结构，能够被含有RNase III DROSHA和双链RNA结合蛋白DGCR8的微加工复合物识别。DROSHA切掉侧翼的单链并产生前体miRNA。尽管大量的RNA结合蛋白参与miRNA生成，但对pri-/pre-miRNAs动态互作组的全面了解仍然十分缺乏。
详情弓形虫(Toxoplasma gondii) 是一种细胞内寄生虫。人和其它动物的弓形虫感染广泛分布于世界各地，英国和美国调查成人感染率一般约为16-40%，有的达70%，而欧洲大陆和拉丁美洲调查的成人感染率为50-80%，法国人高达90%。前期的研究发现人源间充质干细胞系对弓形虫感染有免疫作用，但具体的分子生物学机制仍然不明确
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