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紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(CLIP-seq)

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  • 服务内容
  • 文章导读

技术简介

简介

CLIP-seq (crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing),紫外交联免疫沉淀结合高通量测序,可以高通量研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式,并揭示其在一些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。最近,这项技术也被应用到microRNA靶标鉴定等工作中。

服务内容

1.CLIP-seq建库流程

2.CLIP-seq分析流程

3.CLIP-seq详细分析流程

4.1 数据基础分析:

  1. 测序质量分析;
  2. 测序有效长度分析;
  3. cDNA文库的代表性分析。

4.2 全基因组定位分析:

  1. Reads与参考基因组比对分析;
  2. Reads在基因组不同区域分布情况;
  3. Reads的Rfam分类分析;
  4. Reads在gene/mRNA区分布分析;
  5. Reads在转录起始位点(TSS)附近的分布分析;
  6. Reads在转录终止位点(TTS)附近的分布分析;
  7. Reads在翻译起始位点(Start codon)附近的分布分析;
  8. Reads在翻译终止位点(Stop codon)附近的分布分析。

4.3 CLIP-seq高级分析:

在这部分分析中,我们开发的分析策略为:In silico random IP(仅使用unique reads进行分析,见下图)。对选定的基因中,根据定位到此基因的observed tag number with observed length产生随机序列,对此基因进行模拟定位500次,找出500次中maximal random tag height (p_value<0.01),如果此基因中observed max peak height

4.4 高级分析主要包括:

  1. 基因组上结合峰(peak)分布情况;
  2. 结合峰的峰宽分析;
  3. 结合峰的峰间距分析;
  4. IP样本特异结合峰(specific peak)分析(与对照样本相比较);
  5. 结合基序(motif)分析;
  6. 结合峰所在基因分析;
  7. 结合峰所在基因的GO分类分析;
  8. 结合峰所在基因的功能聚类分析(DAVID);
  9. 结合峰所在基因的GO富集性分析;
  10. 结合峰所在基因的KEGG分析。

4.CLIP-seq分析结果展示



Fig1: Unique Mapped reads distribution across TSS and TTS

Fig2: Unique Mapped reads distribution across Start codon and Stop codon.

Fig3: Statistics of the length of the identified peaks.

Fig4: Distance between peaks.

Fig5: Peak location in genes/mRNA normalized to 100% in length.

 

文章导读

Maintenance of the marginal-zone B cell compartment specifically requires the RNA-binding protein ZFP36L1

Maintenance of the marginal-zone B cell compartment specifically requires the RNA-binding protein ZFP36L1

2017年7月7日

RNA结合蛋白ZFP36家族可通过结合3’UTR区域AU-rich元件促进mRNA降解和抑制基因表达。在这篇文献中,研究者们发现了ZFP36家族成员ZFP36L1的一项新功能,通过对转录因子IRF8和KLF2的表达抑制,调控多个下游信号转导、细胞黏附和迁移基因的表达,控制边缘区B细胞的生存和特征维持。这项研究展示了RNA结合蛋白如何通过整合转录后调控和转录调控途径,促进细胞特征维持的调控机制。

Robust transcriptome-wide discovery of RNA-binding protein binding sites with enhanced CLIP (eCLIP)

Robust transcriptome-wide discovery of RNA-binding protein binding sites with enhanced CLIP (eCLIP)

2016年5月30日

RNA结合蛋白(RNA-binding proteins, RBPs)已被认为是调节基因表达的关键因素。RNA在什么时候,什么地点以什么速率被加工,转运和细胞内的翻译控制一直是研究热点。已有的研究表明这些调节是必须的,因为RBP功能的缺失会导致很多不同的遗传和躯体的疾病,例如神经病变,自身免疫缺陷和癌症等。为了发现RBPs是如何对RNA加工产生影响的机制,大量的新技术如RNA免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation, RIP),紫外交联免疫沉淀(crosslinking-immunoprecipitation, CLIP)等被广泛使用。当一些高通量测序(-seq)与CLIP方法结合例如, photoactivatable-ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP)和individual-nucleotide-resolution CLIP (iCLIP)之后RNA在体内与单核苷酸结合位点的识别将会得到很大改善。然而,当前的CLIP方法在技术上具有一定的挑战性,例如较高的失败率,CLIP-seq文库经常出现极低的complexity:在已发表的279个CLIP数据集中经过PCR重复之后有高达83.3%的CLIP-seq数据会被丢掉。此外当iCLIP由ENCODE进行大量处理时,RBPs文库产生的成功率会地很多,尤其是对那些没有被注释的RNA结合结构域。因此提高文库成功率将显著降低测序成本,极大地提高生物和技术的可重复性,并且可以使低丰度RBPs和很少靶标RNA的RBPs的RBP位点更容易识别。

Integrative genome-wide analysis reveals HLP1, a novel RNA-binding protein, regulates plant flowering by targeting alternative polyadenylation.

Integrative genome-wide analysis reveals HLP1, a novel RNA-binding protein, regulates plant flowering by targeting alternative polyadenylation.

2015年11月16日

ABLife直接参与了本研究 可变聚腺苷酸化(APA)是一种普遍的基因调控机制并与开花相牵连,但植物从营养生长到生殖生长转换期间调整选择特定poly(A)位点的分子基础仍不清楚。

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关于生命之美

武汉生命之美科技有限公司成立于2010年7月,是一家专注于将高通量测序技术(NGS)转化为科学发现和产业应用的生物高科技企业。生命之美使用新一代测序技术和RNA-蛋白质互作的科学技术优势,短短数年时间,就成长为一个拥有强大实验室和科研实力的合作平台。生命之美不但已经与各高校、研究所的实验室一起合作science,也启动了与普通大众一起science的模式,希望以健康产品服务每一名个体。生命之美为爱和梦想而来,它期待着与中国、一带一路各国乃至全球的伙伴们一起做一个前所未有的科学梦:用科学祝福全球!

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公司动态
  • 热烈祝贺生命之美CEO张翼博士荣获省级荣誉
    2020年10月26日
  • 生命之美与华农赵凌课题组合作文章发表于Genome Biology
    2020年9月17日
  • 生命之美与上交大团队合作文章发表于PLoS Pathogens
    2020年9月17日
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