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亚硫酸盐测序(BS-seq)

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技术简介

简介

DNA甲基化是一种在DNA核苷酸胞嘧啶(C)或腺嘌呤(A)上加上甲基的生化过程。DNA甲基化可以在细胞从胚胎干细胞分裂和分化成特定组织的过程中稳定地改变细胞中基因的表达。这一过程通常是永久和单向的,从而阻止细胞退分化为干细胞或者变成其他种类的细胞。DNA甲基化同时也是染色质结构形成的基础,在几乎所有种类的癌症发展中都扮演者非常重要的角色。

亚硫酸盐测序(Bisulfite sequencing,简称为BS-seq)是一种利用亚硫酸盐处理DNA来测定其甲基化模式的方法(Chatterjee et al., 2012)。DNA甲基化是最初被发现的表观遗传标记,直到现在仍是研究最多的表观遗传标记。在动物中,DNA甲基化主要包括CpG岛的胞嘧啶(C)的C-5位置的甲基化,然后导致转录活性的抑制。

其原理在于,亚硫酸盐可使DNA上的胞嘧啶(C)转变成为尿嘧啶(U),同时已受甲基化的5-甲基胞嘧啶则不受影响。如此一来,通过亚硫酸盐处理可以使实验 者得知DNA序列上的特定改变从而确定其甲基化的情形。许多类似分析可以通过修改序列来获得这类信息,这类分析的目标在于区分由亚硫酸盐处理导致的单核苷 酸多态性(胞嘧啶和胸腺嘧啶)。

亚硫酸测序的优点使其能够应用于基因组尺度的分析,然而在此之前,总体测量DNA甲基化仅能通过其他技术手段实现,如限制性标记基因组扫描。在人类基因组计划完成后,许多科学家随后绘制出了人类表观组图谱(Bradbury, 2003; Esteller, 2006)。这一表观遗传信息的获得将对遗传序列执行和调控功能的理解十分重要。表观组比基因组相对不稳定,因此表观组被认为在基因-环境互作中起重要作用(Jones and Martienssen, 2005)

服务内容

1.BS-seq建库流程

2.BS-seq分析流程

3.BS-seq分析结果展示

FIG1_1: 该结果是把每个染色体平均分成300等份,计算落在每一等份中平均的甲基化水平。

FIG1_2: 其中-5到0是基因的上游5000bp;0到10是基因区域,是把基因平均分为100等份,计算落在每一等份中平均的甲基化水平;10-15是基因下游5000bp。

FIG2_1: 对CG、CHG和CHH中甲基化C附近9 bp的序列特征进行分析。

FIG2_2: 图形上面是基因的信息,红色表示正向链上的基因,蓝色表示反向链上的基因,红色表示的峰是甲基化的Cytosine位点,高度代表甲基化reads的个数。两个轴分别代表该样品CHG甲基化和CpG甲基化情况。

文章导读

The dynamic N1-methyladenosine methylome in eukaryotic messenger RNA

The dynamic N1-methyladenosine methylome in eukaryotic messenger RNA

2016年7月4日

近些年研究表明N6-methyladenosine (m6A) 在mRNA代谢中扮演重要角色,此外,pseudouridine (Ψ)和 5-methylcytosine 也被发现在基因表达的转录后修饰中启着重要作用。N1-methyladenosine在信使RNA中的修饰则未见报道。

DNA methylation on N6-adenine in mammalian embryonic stem cells

DNA methylation on N6-adenine in mammalian embryonic stem cells

2016年5月30日

1. DNA 甲基化是一种重要的表观遗传调控机制,在众多物种中被广泛研究。 2.以前的研究认为在哺乳动物中只存在5mC 甲基化,N6-mA甲基化只在原核生物和少数低等真核生物存在。 3.哺乳动物是否存在N6-mA甲基化,一直缺乏直接而有力的证据。

DNA demethylation dynamics in human prenatal germline cells

DNA demethylation dynamics in human prenatal germline cells

2015年11月18日

精子和卵子的融合是动物胚胎发育的起点,不过这一过程并不仅仅是简单的融合。哺乳动物细胞的甲基化模式是在发育中逐渐形成的,在胚胎发育初期,全基因组的甲基化模式会发生明显变化。比如说小鼠胚胎受精之前,雌雄生殖细胞具有较高的甲基化水平,胚胎着床前发生大规模的DNA去甲基化。

DNA methylation signatures of lncRNA in porcine adipose and  muscle tissues

DNA methylation signatures of lncRNA in porcine adipose and muscle tissues

2015年11月18日

长链非编码RNAs(lncRNA)是一类长度大于200nt,不编码蛋白质的RNA分子。与mRNAs相识,lncRNA也是由RNA聚合酶II转录,经历剪接和多聚腺苷酸化。根据它们与蛋白质编码基因的相对定位,lncRNA可分为反义转录物(antisense transcripts)、长链基因内非编码RNAs(long intronic noncoding RNAs)和长链基因间非编码RNAs(long intergenic noncoding RNAs, lincRNAs)。有一些lincRNA已被证明在多种生物学过程如剂量补偿、转录调控、表观遗传调控和细胞多能性维持等中发挥重要作用。以往的研究也证实lincRNA在脂肪生成和肌肉组织发育中发挥作用。

Transcriptional and epigenetic dynamics during specification of human embryonic stem cells.

Transcriptional and epigenetic dynamics during specification of human embryonic stem cells.

2014年9月9日

表观遗传调控是细胞核内染色体的高级组织形式,是目前干细胞研究领域的前沿和热点问题。包括胚胎干细胞和诱导干细胞在内的多功能干细胞都可以利用遗传学和表观遗传学的这种复杂网络,来维持自我更新和多向分化之间的精密平衡

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关于生命之美

武汉生命之美科技有限公司成立于2010年7月,是一家专注于将高通量测序技术(NGS)转化为科学发现和产业应用的生物高科技企业。生命之美使用新一代测序技术和RNA-蛋白质互作的科学技术优势,短短数年时间,就成长为一个拥有强大实验室和科研实力的合作平台。生命之美不但已经与各高校、研究所的实验室一起合作science,也启动了与普通大众一起science的模式,希望以健康产品服务每一名个体。生命之美为爱和梦想而来,它期待着与中国、一带一路各国乃至全球的伙伴们一起做一个前所未有的科学梦:用科学祝福全球!

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公司动态
  • 热烈祝贺生命之美CEO张翼博士荣获省级荣誉
    2020年10月26日
  • 生命之美与华农赵凌课题组合作文章发表于Genome Biology
    2020年9月17日
  • 生命之美与上交大团队合作文章发表于PLoS Pathogens
    2020年9月17日
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