Early life dynamics of the human gut virome and bacterial microbiome in infants
近期的Nature Medicine杂志来自美国华盛顿大学（St. Louis）医学院的一项最新研究发现，细菌可不是婴儿出生后“入侵”肠道的唯一生物种类，病毒也会“趁虚而入”，它们都对人体健康有着重要的影响。该研究分析了8名健康婴儿从出生到两岁的粪便样品，从而跟踪其肠道微生物组和病毒组的变化规律，，堪称肠道病毒组研究开山之作之一。
miRNA-seq揭示小RNA或成为弥漫性大B细胞淋巴瘤的新的诊断标志物
2015年麻省理工Technology Review把液体活检列为十大技术突破之一，同年，欧盟批准将循环肿瘤DNA检测用于易瑞沙的伴随诊断，标志着高通量测序技术在临床应用的大突破。近年来随着TCGA（The Cancer Genome Atlas）的癌症遗传数据库不断完善，未来有望开发新的临床诊断标志物。
MIWI and piRNA-mediated cleavage of messenger RNAs in mouse testes.
周所周知，piRNA机械有介导转座子的表观遗传沉默的作用。最近的研究表明，这一功能还涉及转座子来源的转录本的piRNA导向切割。由于许多piRNA似乎也有针对不同mRNA的能力，这提出了一个有趣的可能性即piRNA可以广泛的作为siRNA并降解特定的mRNA。
Integrative genome-wide analysis reveals HLP1, a novel RNA-binding protein, regulates plant flowering by targeting alternative polyadenylation.
ABLife直接参与了本研究
可变聚腺苷酸化(APA)是一种普遍的基因调控机制并与开花相牵连，但植物从营养生长到生殖生长转换期间调整选择特定poly(A)位点的分子基础仍不清楚。
Neural circular RNAs are derived from synaptic genes and regulated by development and plasticity.
来自德国马克斯-德尔布吕克分子医学研究中心的Schuman和陈炜的研究团队，对小鼠的不同组织进行RNA深度测序，发现circRNA在小鼠大脑中高度表达而且有很大一部分来自编码突触蛋白的基因。研究显示，许多circRNA的丰度在突触形成时突然改变，说明circRNA可能在发育过程中调控突触的功能。
Circular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant, Conserved, and Dynamically Expressed.
来自德国马克斯-德尔布吕克分子医学研究中心的Rajewsky及其同事，为我们提供了一个人脑circRNA的详细图谱，环状RNAs在哺乳动物脑中格外富集、序列保守且动态表达。
环状RNAs（circular RNAs，circRNAs）是一类内源性动物RNAs。研究人员对来自不同脑区、原代神经元、孤立突触以及神经元分化期间的RNA进行了序列测定和计算机分析。在人和小鼠中分别检测到65,731和15,849个候选circRNA。circRNAs在神经元分化中是总体表达升高的，在突触中高度富集，并且与它们的mRNA isoforms相比，通常是差异表达的。circRNA表达与RNA编辑酶ADAR1的表达负相关。ADAR1沉默可诱导circRNA表达升高。
N6-methyladenosine-dependent RNA structural switches regulate RNA–protein interactions.
RNA结合蛋白通过与单链RNA结合基序（RBM）的结合来控制多种细胞生物学进程，而RBM常被包埋在RNA的结构内部（单链RNA能将自身折叠成各种各样的复杂结构），从而抑制了RNA与蛋白的互作。腺嘌呤第6位氮原子的甲基化（m6A）是一种真核mRNA常见的内部修饰，m6A能被YTHDF2（YTH域家族蛋白2）识别进而影响细胞质mRNA的稳定性。
DNA Methylation on N6-Adenine in C. elegans.
在哺乳动物中，发生在胞嘧啶第5位碳原子上的DNA甲基化（5mC），是非常重要的表观遗传标记，而线虫中由于检测不到5mC 和胞嘧啶DNA甲基转移酶同源物而被认为缺乏DNA的甲基化。但是来自哈佛医学院的Eric Greer教授和施扬教授的研究发现，利用MeDIP-Seq和SMRT-seq相结合，检测到线虫的DNA中存在甲基化的腺嘌呤（6mA），而且在组蛋白去甲基酶（spr-5）功能缺失的线虫中，随着生育能力一代代下降6mA的水平增高。在鉴别出调控6mA的DNA去甲基化酶后，研究人员证实除去组蛋白和DNA去甲基化酶都可以加快跨代生育能力丧失的步伐，表明6mA和组蛋白甲基化有可能协同作用传递了遗传信息。
利用MeDIP-Seq，在野生型线虫中，共检测到766个DNA 6mA的结合峰（peak），并在314个结合峰中检测到AGAAGAAGAAGA基序。
Dynamic analyses of alternative polyadenylation from RNA-seq reveal a 3’-UTR landscape across seven tumour types
可变聚腺苷酸化（alternative polyadenylation, APA）是转录后水平调控的重要组成部分。约70%的人类基因都有多个polyA位点，可以产生长度不同的3′-UTR或transcript variant，极大提高了转录组的多样性。最近的研究显示肿瘤组织也有其独特的APA特征，如形成较短的3′-UTR，但人们对其的认识还远远不够充分。贝勒医学院Wei Li研究团队在Nature Communication上报道使用一种新的生物信息学算法DaPars（Dynamic analysis of Alternative PolyAdenylation from RNA-Seq）重新分析了现有的肿瘤组织RNA-seq数据，他们发现的肿瘤组织APA特征可能为癌症诊断提供新的方法。
N6-methyladenosine marks primary microRNAs for processing miRNA甲基化的新功能
据今年三月的Nature杂志报道，洛克菲勒大学的Sohail F. Tavazoie团队发现m6A（N6-methyladenosine）是促进microRNA生成的关键性转录后修饰。初级microRNA（pri-miRNA）需要经过一系列的加工才能形成成熟的miRNA，这其中的第一步是由DGCR8识别pri-miRNA茎环结构，再招募DROSHA切割双链RNA，生成前体miRNA（pre-miRNA）。在此之前，DGCR8如何在众多转录本二级结构中识别并结合pri-miRNA的结构并不清楚。