Dynamic analyses of alternative polyadenylation from RNA-seq reveal a 3’-UTR landscape across seven tumour types

1.文章简介

可变聚腺苷酸化（alternative polyadenylation, APA）是转录后水平调控的重要组成部分。约70%的人类基因都有多个polyA位点，可以产生长度不同的3′-UTR或transcript variant，极大提高了转录组的多样性。最近的研究显示肿瘤组织也有其独特的APA特征，如形成较短的3′-UTR，但人们对其的认识还远远不够充分。贝勒医学院Wei Li研究团队在Nature Communication上报道使用一种新的生物信息学算法DaPars（Dynamic analysis of Alternative PolyAdenylation from RNA-Seq）重新分析了现有的肿瘤组织RNA-seq数据，他们发现的肿瘤组织APA特征可能为癌症诊断提供新的方法。
该团队的研究者们重点分析了七类肿瘤的APA特征，包括膀胱尿路上皮癌，头颈部鳞状细胞癌，肺腺癌，乳腺癌，肾透明细胞癌和子宫内膜癌。在肿瘤发生过程中他们一共鉴定出了1346种肿瘤组织APA特征，其中大部分导致3′-UTR缩短和基因表达上调。受影响的基因可富集到多条已知的肿瘤调控信号通路中，其中GLS（glutaminase） 基因的表达上调也受APA调控。GLS的高表达可提供癌细胞分裂所需的能量供应，是肿瘤发生的标志之一。研究者们认为，他们在这篇文章中描述的肿瘤组织APA特征，包括GLS的APA特征，可为多种癌症的预后诊断提供依据。

原文出处：

Alarcón C R, Hyeseung L, Hani G, et al. N6-methyladenosine marks primary microRNAs for processing.[J]. Nature, 2015, 519(7544):482-5.