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Abundant DNA 6mA methylation during early embryogenesis of zebrafish and pig

Edited By:詹雷雷博士


1.文章简介

文章题目

Abundant DNA 6mA methylation during early embryogenesis of zebrafish and pig

中文题目

斑马鱼和猪的早期胚胎形成过程中存在大量的DNA 6mA

期刊名

Nature Communications IF:11.329

单位

University of Chicago

发表时间

2016.10

实验材料

zebrafish 和pig胚胎

测序平台

Illumina HiSeq 2500

相关产品

BS-seq

2.研究背景

1.  DNA甲基化是一种重要的表观遗传调控机制,在众多物种中被广泛研究 。
2.  以前的研究显示N6-mA甲基化存在与于胚胎干细胞中。
3.N6-mA甲基化在胚胎发育过程的变化情况尚没有任何报道。

3.研究方法

运用LC–MS/MS和6mA-IP-seq实验,发现在斑马鱼和猪的早期胚胎形成过程中,N6-mA甲基化和去甲基化事件频繁发生,表明该种表观遗传调控机制在胚胎早期形成过程中有着重要的调控作用。
研究思路
1.  运用LC–MS/MS 技术检测斑马鱼和猪的早期胚胎细胞的DNA,发现N6-mA甲基化;
2.  通过比较各阶段的早期胚胎细胞N6-mA甲基化水平,探明该种表观遗传调控方式处于动态变化中;
3.  通过6mA-IP-seq,发现早期胚胎细胞中N6-mA甲基化位点。
文章亮点
1.第一次揭示了N6-mA甲基化在斑马鱼和猪的早期胚胎形成过程中有重要的调控作用。

4.研究成果

1,在斑马鱼早期胚胎中检测N6-mA甲基化修饰
收集斑马鱼的早期胚胎干细胞(从单细胞到512-cell阶段),提取DNA后,运用LC–MS/MS检测N6-mA 甲基化,结果显示在胚胎发育各阶段所提取的DNA中,都能检测到N6-mA 甲基化,而且甲基化水平处于动态变化中 (Figure 1)。

2,免疫染色法检测胚胎发育早期的DNA N6-mA甲基化
为了排除LC–MS/MS检测过程中外源N6-mA 的污染干扰,用合适的荧光抗体对 胚胎细胞进行免疫荧光检测,进一步证实早期胚胎干细胞的DNA 的确存在N6-mA 甲基化,而且甲基化水平在不同的发育阶段存在差异 (Figure 2a)。LC–MS/MS 和免疫染色检测实验也在猪的早期胚胎干细胞样本中开展,结果也检测出了N6-mA 甲基化(Figure 2b & c)。

3. 斑马鱼胚胎干细胞中DNA N6-mA 的分布。
选取斑马鱼64-cell 期的胚胎干细胞作为研究材料,运用6mA-IP-seq 实验对DNA的N6-mA 甲基化开展研究,通过分析测序数据发现,大部分N6-mA 甲基化位点位于重复序列上(Figure 3)。

5.参考文献

Liu J, Zhu Y, Luo GZ, Wang X, Yue Y, Wang X, Zong X, Chen K, Yin H, Fu Y, Han D, Wang Y, Chen D, He C, 2016 . Abundant DNA 6mA methylation during early embryogenesis of zebrafish and pig. Nat Commun, 7:13052. doi: 10.1038/ncomms13052.

菊子曰 菊子曰:微博同步,定时发布!
Category: 未分类2016年11月9日
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武汉生命之美科技有限公司成立于2010年7月,是一家专注于将高通量测序技术(NGS)转化为科学发现和产业应用的生物高科技企业。生命之美使用新一代测序技术和RNA-蛋白质互作的科学技术优势,短短数年时间,就成长为一个拥有强大实验室和科研实力的合作平台。生命之美不但已经与各高校、研究所的实验室一起合作science,也启动了与普通大众一起science的模式,希望以健康产品服务每一名个体。生命之美为爱和梦想而来,它期待着与中国、一带一路各国乃至全球的伙伴们一起做一个前所未有的科学梦:用科学祝福全球!

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