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Circular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant, Conserved, and Dynamically Expressed.

1.文章简介

文章题目 Circular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant, Conserved, and Dynamically Expressed
中文题目
期刊名
作者
发表时间 2015
实验材料
测序平台
相关产品 CircRNA-Seq

来自德国马克斯-德尔布吕克分子医学研究中心的Rajewsky及其同事,为我们提供了一个人脑circRNA的详细图谱,环状RNAs在哺乳动物脑中格外富集、序列保守且动态表达。
环状RNAs(circular RNAs,circRNAs)是一类内源性动物RNAs。研究人员对来自不同脑区、原代神经元、孤立突触以及神经元分化期间的RNA进行了序列测定和计算机分析。在人和小鼠中分别检测到65,731和15,849个候选circRNA。circRNAs在神经元分化中是总体表达升高的,在突触中高度富集,并且与它们的mRNA isoforms相比,通常是差异表达的。circRNA表达与RNA编辑酶ADAR1的表达负相关。ADAR1沉默可诱导circRNA表达升高。
经典的RNA测序方法无意中丢弃了环状RNA分子,采用剔除rRNA的RNA-seq,在RNA序列读取中筛选头尾剪接点,这些剪接点是由外显子上一个受体5’端剪接点和一个下游的供体3’端剪接点组成(头对尾),并对检测到的环形剪接进行表达量估算(同一序列产生环形剪接的reads数与线性剪接的reads相比)。circRNAs旁侧的内含子含有反向互补匹配序列(RCM),从而易于反向剪接形成闭合的circRNAs。作者还提出一种H-score估算方法,可估测内含子内是否有反向互补配对,并预测能成环的外显子。

http://114.115.208.242/wp-content/uploads/2015/11/circRNA.png上图为circRNAs的分析流程简图,下左显示circRNAs的富集表达组织,下右H-score估测流程简图。

原文出处:

Rybak-Wolf A, Stottmeister C, Glažar P, et al. Circular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant, Conserved, and Dynamically Expressed[J]. Molecular Cell, 2015, 58(5):870–885.
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菊子曰 菊子曰:图文并茂的长微博工具!
Category: CNS-Reading2015年11月13日
标签: Circular-RNA
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武汉生命之美科技有限公司成立于2010年7月,是一家专注于将高通量测序技术(NGS)转化为科学发现和产业应用的生物高科技企业。生命之美使用新一代测序技术和RNA-蛋白质互作的科学技术优势,短短数年时间,就成长为一个拥有强大实验室和科研实力的合作平台。生命之美不但已经与各高校、研究所的实验室一起合作science,也启动了与普通大众一起science的模式,希望以健康产品服务每一名个体。生命之美为爱和梦想而来,它期待着与中国、一带一路各国乃至全球的伙伴们一起做一个前所未有的科学梦:用科学祝福全球!

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