ChIRP(Chromatin Isolation by RNA Purification)

ChIRP (Chromatin Isolation by RNA Purification )是目前前沿通过的的以RNA为中心的大分子互作高通量研究技术之一，另外两种是RAP (RNA Antisense Purification) 和Chart (Capture Hybridization Analysis of RNA Targets)(Chu, Spitale et al. 2015)。RNA-染色质（DNA和蛋白质）互作研究技术之一。该技术最早开发应用与lncRNA研究，是获取lncRNA调控靶基因的有效途径 (Chu, Qu et al. 2011)。方法是将与目标RNA互补的寡核苷酸探针进行生物素标记，并由此捕获相关蛋白质、 RNA或DNA等的一项技术，之后可以通过质谱分析或高通量测序分析，来鉴定与RNA相互作用的蛋白质、RNA或DNA等，从而明确与该RNA发生相互作用的蛋白质、RNA或基因组区域。

lncRNA是一类重要生物过程的染色质状态调节因子，如剂量补偿，遗传印迹（Imprinting）和基因发育表达。针对lncRNA的研究已经有很多开创性的发现，但是大多数lncRNA在染色体上确切的结合位点尚不清楚。先前关于映射RNA在染色质上结合位点的研究为现在的研究提供实质性的见解，但是一次只涉及单个基因座。基于ChIP-chip或ChIP-seq 技术的发展，使得我们在全基因组范围内理解蛋白质的DNA结合位点，而CHIRP-seq技术可以高分辨率地映射lncRNA在全基因组范围内的DNA结合位点。

参考文献：

Chu, C., K. Qu, F. Zhong, S. Artandi and H. Chang (2011). “Genomic maps of long noncoding RNA occupancy reveal principles of RNA-chromatin interactions.” Mol. Cell 44(4): 667-678.

Chu, C., R. C. Spitale and H. Y. Chang (2015). “Technologies to probe functions and mechanisms of long noncoding RNAs.” Nature structural & molecular biology 22(1): 29-35.

Quinn, J., I. Ilik, K. Qu, P. Georgiev, C. Chu, A. Akhtar and H. Chang (2014). “Revealing long noncoding RNA architecture and functions using domain-specific chromatin isolation by RNA purification.” Nat. Biotechnol. 32(9): 933-940.