基因组从头测序(De novo Genome Sequencing)

简介

对特定物种进行最初的基因组序列测定被称为基因组从头测序。对于任何物种来说，只有在获得基因组序列后才有可能进行具体的遗传分析。从头测序一般是在没有参考基因组的情况下，通过拼接组装单个序列读长来获得长的连续的序列(contigs)或具有正确顺序的叠连群(scaffolds)。该方法主要用来测序非典型的物种基因组，这些物种要么是没有参考序列，或者有参考基因组但却有着极高的结构变异（如癌细胞）。

在以前，从头测序主要是使用毛细管电泳测序仪进行测序。该方法拥有较长的序列读长和高度的准确性，因此毛细管电泳测序和重叠一致拼接方法是从头测序项目的“黄金标准”技术规范。现在，从头测序主要是使用新一代的测序技术，这其中包括Roche 454、Illumina Solexa和ABI SOLid等。这些不同测序平台产生的序列读长有着各自的特性，通过一定的方法可以将这些数据组合起来从而经济有效地完成复杂基因组的测序。

从头测序的主要应用范围有：

• 测序未知基因组或没有参考基因组的物种
• 样本有可预期的大的结构变异（癌细胞）
• 微生物测序（实验株系，基因组有很高的可塑性）