CLIP-seq (crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing)，紫外交联免疫沉淀结合高通量测序，可以高通量研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式，并揭示其在一些重要生物学过程中的功能，是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。最近，这项技术也被应用到microRNA靶标鉴定等工作中。
在这部分分析中，我们开发的分析策略为：In silico random IP（仅使用unique reads进行分析，见下图）。对选定的基因中，根据定位到此基因的observed tag number with observed length产生随机序列，对此基因进行模拟定位500次，找出500次中maximal random tag height (p_value<0.01)，如果此基因中observed max peak height
4.4 高级分析主要包括：
RNA结合蛋白ZFP36家族可通过结合3’UTR区域AU-rich元件促进mRNA降解和抑制基因表达。在这篇文献中，研究者们发现了ZFP36家族成员ZFP36L1的一项新功能，通过对转录因子IRF8和KLF2的表达抑制，调控多个下游信号转导、细胞黏附和迁移基因的表达，控制边缘区B细胞的生存和特征维持。这项研究展示了RNA结合蛋白如何通过整合转录后调控和转录调控途径，促进细胞特征维持的调控机制。
基因表达的转录后调控是由很多的RNA结合蛋白调控的，这些蛋白结合在pre-mRNA或者mRNA上面。RBPs的结合活性，会影响mRNA的正常剪接，定位，以及翻译过程。RBPs的非正常调控和人类的很多疾病有很大的关系。研究RBPs的功能，需要知道RBP都会结合哪些RNA，也就是RBP的靶标。
Vigilin，由Hdlpb编码，是KHdomain家族中最大的RNA-binding protein（RBP）。该蛋白包含14个约70个氨基酸的重复序列，其中包含KH domains。这些KH domains被报道具有核算结合活性，并且能够与细胞质mRNA和tRNA互作。Vigilin被报道不同生物学进程中起作用，包括甾体代谢、异染色质形成，tRNA的核转运、胞质RNA运输和一些特异靶标mRNA的代谢。但是，已知的vigilin靶标mRNA非常少，并且准确的RNA结合元件并未见报道。
对于大多数细胞，mRNA的翻译需要eIF4E（异源三聚体Eif4F的亚结构）识别5’m7G帽子结构。被eIF4F bound的5’帽子再招募40S核糖体亚基及相关的翻译起始因子。但是，很多mRNA可以不依赖帽子进行翻译。这些有帽子的mRNA在压力环境下不需要eIF4E即可翻译。病毒mRNA由于在5’UTR区存在IRES motif可以进行不依赖帽子的翻译，但这种复杂结构在真核mRNA中较少存在。因此，不依赖帽子的翻译机制仍被了解较少。
细菌中的sRNAs (small RNAs) 在细菌的转录后调控中起到很重要的作用，sRNA对其mRNA靶标可以起到降解或者抑制翻译的功能。在这个过程中，RNA结合蛋白Hfq起到了很关键的作用，作为RNA的伴侣蛋白，Hfq将sRNA和mRNA招募到一起，促成了sRNA-Target之间的互作。 已经有比较多的文献报道了sRNA-Target之间的互作关系，大部分是从单基因层面进行研究的，CLIP-Seq技术出现以来，对Hfq蛋白进行CLIP-Seq，可以在全基因组范围内研究sRNA-Target之间的互作关系，但也只能获得Hfq结合的sRNA和mRNA，对sRNA-Target之间的直接互作关系，还需要进一步预测。因此需要找到一些方法来直接研究sRNA-Target互作关系。
RNA结合蛋白（RNA-binding proteins, RBPs）已被认为是调节基因表达的关键因素。RNA在什么时候，什么地点以什么速率被加工，转运和细胞内的翻译控制一直是研究热点。已有的研究表明这些调节是必须的，因为RBP功能的缺失会导致很多不同的遗传和躯体的疾病，例如神经病变，自身免疫缺陷和癌症等。为了发现RBPs是如何对RNA加工产生影响的机制，大量的新技术如RNA免疫共沉淀（RNA immunoprecipitation, RIP），紫外交联免疫沉淀（crosslinking-immunoprecipitation, CLIP）等被广泛使用。当一些高通量测序（-seq）与CLIP方法结合例如, photoactivatable-ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP)和individual-nucleotide-resolution CLIP (iCLIP)之后RNA在体内与单核苷酸结合位点的识别将会得到很大改善。然而，当前的CLIP方法在技术上具有一定的挑战性，例如较高的失败率，CLIP-seq文库经常出现极低的complexity:在已发表的279个CLIP数据集中经过PCR重复之后有高达83.3%的CLIP-seq数据会被丢掉。此外当iCLIP由ENCODE进行大量处理时，RBPs文库产生的成功率会地很多，尤其是对那些没有被注释的RNA结合结构域。因此提高文库成功率将显著降低测序成本，极大地提高生物和技术的可重复性，并且可以使低丰度RBPs和很少靶标RNA的RBPs的RBP位点更容易识别。
ABLife直接参与了本研究 可变聚腺苷酸化(APA)是一种普遍的基因调控机制并与开花相牵连，但植物从营养生长到生殖生长转换期间调整选择特定poly(A)位点的分子基础仍不清楚。