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ChIRP(Chromatin Isolation by RNA Purification)

  • 技术简介
  • 技术原理
  • 技术流程

技术简介

ChIRP (Chromatin Isolation by RNA Purification )是目前前沿通过的的以RNA为中心的大分子互作高通量研究技术之一,另外两种是RAP (RNA Antisense Purification) 和Chart (Capture Hybridization Analysis of RNA Targets)(Chu, Spitale et al. 2015)。RNA-染色质(DNA和蛋白质)互作研究技术之一。该技术最早开发应用与lncRNA研究,是获取lncRNA调控靶基因的有效途径 (Chu, Qu et al. 2011)。方法是将与目标RNA互补的寡核苷酸探针进行生物素标记,并由此捕获相关蛋白质、 RNA或DNA等的一项技术,之后可以通过质谱分析或高通量测序分析,来鉴定与RNA相互作用的蛋白质、RNA或DNA等,从而明确与该RNA发生相互作用的蛋白质、RNA或基因组区域。

 

lncRNA是一类重要生物过程的染色质状态调节因子,如剂量补偿,遗传印迹(Imprinting)和基因发育表达。针对lncRNA的研究已经有很多开创性的发现,但是大多数lncRNA在染色体上确切的结合位点尚不清楚。先前关于映射RNA在染色质上结合位点的研究为现在的研究提供实质性的见解,但是一次只涉及单个基因座。基于ChIP-chip或ChIP-seq 技术的发展,使得我们在全基因组范围内理解蛋白质的DNA结合位点,而CHIRP-seq技术可以高分辨率地映射lncRNA在全基因组范围内的DNA结合位点。

参考文献:

Chu, C., K. Qu, F. Zhong, S. Artandi and H. Chang (2011). “Genomic maps of long noncoding RNA occupancy reveal principles of RNA-chromatin interactions.” Mol. Cell 44(4): 667-678.

Chu, C., R. C. Spitale and H. Y. Chang (2015). “Technologies to probe functions and mechanisms of long noncoding RNAs.” Nature structural & molecular biology 22(1): 29-35.

Quinn, J., I. Ilik, K. Qu, P. Georgiev, C. Chu, A. Akhtar and H. Chang (2014). “Revealing long noncoding RNA architecture and functions using domain-specific chromatin isolation by RNA purification.” Nat. Biotechnol. 32(9): 933-940.

技术原理

该方法是通过设计与目标RNA序列反向互补的生物素探针,把目标RNA拉下来以后,与其共同作用的DNA染色体片段就会附到链霉亲和素磁珠上,最后通过qRT-PCR或高通量测序来测定基因组DNA序列,通过Western Blot或质谱分析来确定相应蛋白质。

技术流程

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武汉生命之美科技有限公司成立于2010年7月,是一家专注于将高通量测序技术(NGS)转化为科学发现和产业应用的生物高科技企业。生命之美使用新一代测序技术和RNA-蛋白质互作的科学技术优势,短短数年时间,就成长为一个拥有强大实验室和科研实力的合作平台。生命之美不但已经与各高校、研究所的实验室一起合作science,也启动了与普通大众一起science的模式,希望以健康产品服务每一名个体。生命之美为爱和梦想而来,它期待着与中国、一带一路各国乃至全球的伙伴们一起做一个前所未有的科学梦:用科学祝福全球!

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