PACBIO RS单分子实时测序技术(SMRT)是利用荧光信号进行测序，通过增加荧光的信号强度及提高仪器的灵敏度等方法解决了错误率的问题，使测序不再需要PCR 扩增这个环节，实现了单分子测序并继承了高通量测序的优点。PacBio RS第三代测序平台有三个核心技术：
纳米微孔 (SMRT cell);
荧光标记的脱氧核苷酸(Phospholinked Nucleotides);
polymeraseinZMWs.共聚焦显微镜，大孔径物镜和四个单光子照相机收集荧光发射的光脉冲。
PacBio RS主要优势
1. 单分子实时分析，在模板制备时无需进行PCR扩增，测序结果具有更均一的测序覆盖深度，并且几乎不受序列中GC含量差异的影响，更有利于混合样本中稀有变异的检出。可直接检测各种修饰的DNA序列，发现DNA修饰Motifs。
2. 读长更长，当前的P5-C3(即polymerase version 5 和 chemistry 3)实现了通量~400Mb/SMRT cell，平均读长4500bp，最大读长≥20kb,长读长可以减少contigs的数量，从而可大幅降低基因组序列拼接难度。在同样的测序覆盖深度下，可获得比其它测序方法更好的一致性准确度。
3. 更快获得结果、更加灵活，以SMRT cell 作为测序单元，无需积累样本就可开机。多种测序模式可选，为用户的各种不同测序应用提供最大程度的灵活性。
PacBio RS应用领域
1. 靶向重测序(Targeted Resequencing)
2. 从头组装(De Novo Assembly)
混合拼接：将长读长数据和二代测序数据放在一起分析从而完成基因组拼接工作。 可以减少contigs数量，用更低的成本获得更高的数据质量。
独自拼接： 仅使用PacBio数据完成基因组的拼接。
3. 病原微生物鉴定(Pathogen identification)
在传染病爆发、生物反恐、食品安全以及宏基因组领域可以进行株系水平分辨率的微生物的快速识别和鉴定。
4. 修饰碱基测定(Base Modification Detection)