Metabolic Regulation of Gene Expression by Histone Lysine β-Hydroxybutyrylation
文章运用高分辨率质谱技术和生化方法鉴定并验证了一种新的组蛋白修饰-三羟基丁酰化修饰,使用RNA-seq 和CHIP-seq 等技术对这种新的组蛋白修饰的功能进行了探索,发现一种新的组蛋白修饰的表观遗传调控方式,并发现它对基因的表达有重要的代谢调控作用。
文章运用高分辨率质谱技术和生化方法鉴定并验证了一种新的组蛋白修饰-三羟基丁酰化修饰,使用RNA-seq 和CHIP-seq 等技术对这种新的组蛋白修饰的功能进行了探索,发现一种新的组蛋白修饰的表观遗传调控方式,并发现它对基因的表达有重要的代谢调控作用。
肠道微生物在营养吸收和人体免疫系统的发展过程中起到根本作用,而且肠道微生物与宿主间的共生关系在维持肠道内稳态中至关重要。肠道上皮受损后如果无法适当的修复将导致菌群结构失调,进而引发炎症反应,并最终引发炎性肠道疾病(IBD)或结直肠癌(CRC)。然而,对于肠道上皮损伤后如何修复重建肠道内稳态,以避免失调导致的疾病,我们仍然知之甚少。因此,本文旨在阐明菌群驱动的生长因子FGF2与白介素IL-17是如何协作促进修复受损的肠道上皮屏障的。
PRC2能够通过EZH2甲基转移酶活性,修饰H3K27三甲基化抑制基因的转录表达。近些年来,表观调控研究领域的热点在于探索何种媒介介导了PRC2复合体结合至靶标染色质,从而行使表观调控的功能。其中,LncRNA介导的PRC2在染色质上的结合和基因表达调控机制已经非常清楚,例如RepA、Hotair等,但是除了LncRNA外,是否存在其它的调控因子还未解答。2012年NSMB发表文章报道Intronic RNA能够介导PRC2的顺式调控能力;2013年,同样也是NSMB发表文章表明PRC2复合体不仅能够结合LncRNA,还能与各式各样的RNA相互作用,包括成熟的mRNA;同年,NSMB文章揭示了PRC2能够结合至新生RNA,鉴于新生RNA与染色质的空间距离较近,这些线索提示新生RNA可能介导PRC2复合体对染色质的结合和调控
幸福感是在心理学、社会经济学和流行病学社会调查中的主题,在遗传学上,幸福感被证明与抑郁和神经质有一定的关联。长久以来,抑郁和神经质在遗传学领域却受到了更多的关注,然而对与两者相关联的基因变异却仍知之甚少。
在Cell上发表的一项新的研究发现了一种被称为lincRNA-EPS的lncRNA,在调节先天免疫中起重要作用。lincRNA-EPS在巨噬细胞中大量表达,在遭遇病原体前可让炎症应答基因处于转录沉默状态。这一发现指出lncRNA在免疫系统中的新功能,可能对不受控制的免疫反应(如红斑狼疮或炎症性肠病)导致的炎性疾病产生新的认识。
V. Narry Kim实验室于2014年开发了可用于高通量检测Poly(A)尾巴长度的TAIL-seq技术,并发现在胚胎细胞以外Poly(A)尾巴长度和翻译效率并无明显的线性相关关系。现在该实验室的研究者们利用TAIL-seq和核糖体分析(ribosome profiling)技术,分析细胞周期中Poly(A)尾巴长度和翻译调控的关系。
对单个人类大脑神经元细胞核进行单细胞核转录组测序能够高效鉴定人类大脑神经性元不同亚型,奠定“绘制”人类脑神经元细胞基因活性方法的基础。同时,可以帮助我们更好理解人脑正常功能及疾病异常,包括阿尔茨海默氏症、帕金森症、精神分裂症和抑郁症等。
近些年研究表明N6-methyladenosine (m6A) 在mRNA代谢中扮演重要角色,此外,pseudouridine (Ψ)和 5-methylcytosine 也被发现在基因表达的转录后修饰中启着重要作用。N1-methyladenosine在信使RNA中的修饰则未见报道。
改进了CLIP-Seq的实验方法极大的减少了CLIP-Seq的实验步骤,同时提高了产物检测的灵敏性和准确性。
成功开发了SUPeR-seq技术,并第一次对在人源植入前胚胎发育过程中所表达circRNA进行了全面的探究,为后续的相关研究提供了一个非常有价值的数据库。