DNA methylation signatures of lncRNA in porcine adipose and muscle tissues

1.文章简介

长链非编码RNAs（lncRNA）是一类长度大于200nt，不编码蛋白质的RNA分子。与mRNAs相识，lncRNA也是由RNA聚合酶II转录，经历剪接和多聚腺苷酸化。根据它们与蛋白质编码基因的相对定位，lncRNA可分为反义转录物（antisense transcripts）、长链基因内非编码RNAs（long intronic noncoding RNAs）和长链基因间非编码RNAs（long intergenic noncoding RNAs, lincRNAs）。有一些lincRNA已被证明在多种生物学过程如剂量补偿、转录调控、表观遗传调控和细胞多能性维持等中发挥重要作用。以往的研究也证实lincRNA在脂肪生成和肌肉组织发育中发挥作用。
早前的研究中，由深圳华大基因研究院和四川农大主导的研究小组对来自3个猪品种（Landrace、Tibetan、Rongchang）的8种脂肪组织及2种骨骼肌组织进行了DNA甲基化分析，在与肥胖形成高度相关蛋白编码基因启动子区发现了一些差异甲基化区（DMRs）。另一项研究中，张亚平院士课题组从猪基因组中鉴定出由4,515个基因编码的6,621个lincRNAs。这两项研究的成果为进一步研究脂肪形成和肌肉发育中lincRNAs的DNA甲基化提供了基础。本次研究中，研究人员重新分析了一个已发表的甲基化DNA免疫沉淀测序（MeDIP-seq）数据集，期望特征化猪脂肪肌肉组织中lincRNA基因的甲基化模式。研究结果表明，lincRNA基因的甲基化水平高于mRNA基因。在分析lincRNA基因的启动子、外显子和内含子区甲基化水平时，他们发现lincRNA基因有类似于mRNA基因在外显子区高甲基化的趋势。lincRNA在转录起始位点（TSS）具有与蛋白编码基因不同的甲基化模式。此外，不同猪品种中（包括不同脂肪含量、性别、组织部位），许多lincRNAs和鉴定出的差异甲基化区有重叠。研究人员鉴别出了一个lincRNA基因linc-sscg3623，这个基因在60天和120天龄的民猪和大白猪背膘脂肪中显示差异甲基化，在150天和180天龄之间的民猪和大白猪中发生脱甲基化，随后在180天和210天龄之间的民猪和大白猪中再次甲基化。这些研究成果有助于我们了解家畜的驯化，鉴定出一些参与脂肪形成和肌肉发育的lincRNA基因。

原文出处：

Shain A H, Garrido M, Button T, et al. Exome sequencing of desmoplastic melanoma identifies recurrent NFKBIE promoter mutations and diverse activating mutations in the MAPK pathway[J]. <em>Nature Genetics</em>, 2015.