RIP-seq analysis of eukaryotic Sm proteins identifies three major categories of Sm-containing ribonucleoproteins.

1.文章简介

Sm蛋白是一类高度保守RNA结合蛋白家族，广泛存在于生物界中。Sm蛋白在真核生物中由七个亚基组成，呈环状结构，能与相关的RNAs结合形成RNP（ribonucleoprotein，核糖核蛋白）。
Lu等选取Sm环结构的不同亚基作为靶标，应用七种不同的RIP-seq，全面综合分析了果蝇和人类细胞中Sm相关联的RNAs。通过这种多靶向的RIP-seq，研究人员检测到了大部分的剪接体snRNA（小核RNA，有些snRNA因太短而没检测到），并发现了一个新的果蝇特异性snRNA（snRNA:U）。同时，他们还在果蝇和人细胞中均发现一些新的Sm蛋白相关的scaRNA（小卡哈尔体RNA，如Prp8和SHAN）及mRNA被发现。qPCR实验表明，RNA-Sm的互作呈现组织特异性。
有趣的是，mRNA并不能直接与Sm蛋白直接作用，而需要snRNP作为介导。这些和Sm蛋白相结合的mRNA呈加工成熟的状态，揭示了Sm RNPs的非剪接性功能。

原文出处：

Lu Z, Guan X, Schmidt CA, Matera AG (2014) RIP-seq analysis of eukaryotic Sm proteins identifies three major categories of Sm-containing ribonucleoproteins. Genome Biol 15: R7