1.文章简介
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文章题目 |
Comprehensive analysis of differentially expressed profiles of lncRNAs and circRNAs with associated co-expression and ceRNA networks in bladder carcinoma |
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期刊名 |
Oncotarget |
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作者单位 |
College of Clinical Medicine, Southwest Medical University. |
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发表时间 |
2016.3.30 |
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实验材料 |
bladder carcinoma and para-carcinoma tissues |
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测序平台 |
Illumina HiSeq2000 platform |
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相关产品 |
LncRNA-seq |
2.研究背景
膀胱癌（Bladder cancer, BC）是最常见的泌尿系统癌症，在不同的国家均具有较高的发病率和死亡率。目前膀胱癌已经是第七男性最常见的癌症。根据全球癌症统计每年约新增440,000名确诊的膀胱癌患者，并且有130,000名患者死于膀胱癌。膀胱癌在中国的发病率和死亡率在过去的几十年逐年上升，已经称为发病率最高的泌尿系统癌症和死亡率仅次于直肠癌的恶性癌症。人的基因组中大约有5%-10%的序列会被转录，其中约有10-20%是编码蛋白的RNA，其余80-90%是不编码蛋白的RNA。近年来越来越多的研究表明转录本在癌症的发病和发育过程中起着非常重要的作用。
3.研究亮点
我们的研究结果提供了lncRNAs和circRNA的新观点，为未来研究lncRNAs和circRNAs在膀胱癌的潜在作用奠定基础。
4.研究成果
差异lncRNA, mRNA and circRNA的表达
对全部的实验材料进行高通量测序之后发现有4155个lncRNA和4416个mRNA出现了表达的差异。其中2045个lncRNA上调表达2110个lncRNA下调表达，同时有2472个mRNA上调2110个mRNA下调。进一步的分析发现这些lncRNA 广泛分布于X个Y染色体上。
2. GO和KEGG分析
我们的数据显示，上调的mRNA主要集中在生物过程，细胞代谢和细胞周期。同时下调转录本主要集中在免疫系统过程，对刺激和免疫的应答反应。值得关注的是，已有的研究表明有丝分裂，细胞循环和甲基转移酶活性与癌症极为相关。KEGG结果分析表明分别有10条通路的mRNA上调和下调。p53信号通路和膀胱癌是上调的蛋白质编码基因中的顶部途径，而顶部富集的KEGG途径是下调的转录物的细胞因子 – 细胞因子受体相互作用。结果表明这些通路可能有助于尽早明确发病机理。
3. 共表达lncRNA和mRNA的功能预测
我们在BC中选择10个显着表达的编码基因，根据相关程度构建CNC网络。mRNA涉及许多生物过程，例如细胞周期，凋亡，EMT和血管生成。网络显示上调的lncRNA APLP2阴性和下调lncRNA RP11-661A12.7与参与凋亡的PTEN，PDCD4，TUSC1和TP53INP1呈正相关; 然而，上调的lncRNA RP11-537A6.9是积极的，而下调的lncRNA THAP9-AS1与VEGFA，MMP2和HRAS负相关，它们都与转移。
4．转录本顺式和反式调控元件功能预测
我们进一步检测如何失调的lncRNAs可能在mRNA基因中发挥顺式或反式调节作用。构建相关表达网络以搜索10个lncRNA和相邻编码基因的基础关系。每个lncRNA具有不同数目的相邻编码基因。 例如，H19具有最大数量的14个相邻编码基因，而XIST仅具有1个邻近编码基因。 LncRNAs RP11-359E19.2和RP11-79H23.3分别具有4和3个附近的编码基因。
6参考文献
MG Huang, ZY Zhong, MX Lv et al. 2016. Comprehensive analysis of differentially expressed profles of lncRNAs and circRNAs with associated co-expression and ceRNA networks in bladder carcinoma. Oncotarget, 30:47186-47200.
